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センス

系統樹と地図関係の編集に思ったより苦戦している。言いたいことが明瞭に伝わる図。なかなか難しい。色々と参考にしたが、メジャー誌の図はやはりカッコいい。

とりあえず、系統樹はこんな感じになった。あまりセンスを感じない。枠線は不要か?

レイアウト

動画解析ソフトの勉強は出来ず。これは学生に任せよう。

今日は天皇賞(秋)。晴天のイメージが強い秋競馬。昨日、台風の影響で東京競馬場は中止だったようだけど、馬場はどんな感じなのか。前日オッズはブエナビスタが1人気だったけど、切れ勝負する馬なので馬場は良いにこしたことはないハズ。今日は、無事に結果を知ることなく録画を見られる。ブエナビスタは届かず3着と予想。
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どこ?

学生の頃はササラダニの多様性や群集を研究していたが、最近は、ワラジムシが中心になり、内容も分子系統や行動がメインとなったので、ここ2、3年で大量に関連文献を集めた。しかも読んだ文献を適当に、さらに、取り寄せただけの文献もその辺りに、と置いていたら置いてある場所が全く分からなくなってしまった。

ということで、いい加減整理しようと、いらなそうな文献を捨てていたら、データベース(エクセルだけど)から削除するのを忘れていることに本日、気づいた。この際、文献管理ソフトを使って管理しようと、いつものようにフリーソフト探し。シンプルに検索ができれば良いので、BipCompanionを使ってみることにした。論文書きに使用する約50本を登録したところで早くもあきた。1日20本ぐらいずつやるか。1000本(記載論文が多いので)だとすると50日か。

MEGAによるMP法は無事に終了。でも、外群の扱いが何だかおかしい。悩んだ末、もう一度、PAUPで解析することにした。少し修正して解析したところ、数時間で終了。結果は良好。

明日は系統樹の編集と新しいPCソフトの使い方をマスターしたい。

27日の毎日新聞夕刊で授業で使えそうなネタが出ていたのでメモ。

南米のアマゾンでは、過去10年間で1220種の新種が見つかったそうだ。単純に割ると3日に1種のペース。ん~少ないのでは?と思ったら、ナゼか、対象は脊椎動物と植物だけ。無脊椎動物を入れたら1日数種のペースで新種が見つかっているのだろう。

発見

同じ日の記事(サイエンスの記事らしい)。1980年以降の脊椎動物の絶滅の危険度を調べた結果、約250種がすでに絶滅し、約5000種が絶滅の危険にある、ことが分かった。見出しの「年52種 絶滅危機」というのは、両生類、鳥類、哺乳類で調査期間中(動物毎にばらばら)に絶滅の危険が生じた種数を単純に調査期間で割った値。

絶滅

テレビで、新種の発見と絶滅の話題になると、「新種が見つかっているのだから、絶滅しても大丈夫」と言う不思議な発言をする人がいるけど、新種は人が見つけたということであって、新しく出現した訳ではない。絶滅した分、地球上の種数は減っている。

変わります

会議関係であっち行ったり、こっち行ったりの一日だった。

OTUの名前を修正したり、ブートストラップ値を加えたりして、系統樹がそれらしくなった。MP法はMEGAでやることにしたが、手元にノートブックネットブックしかないので、不安だけどそれに任せてみる。現在(19:51)、25%終了したみたい。明日には終わりそう。

系統樹

合間に少しだけ、ワラジムシの日周運動に関する古い論文を読んだ。

Studies in diurnal rhythms II changes in the physiological responses of the woodlouse Oniscus asellus to environmental stimuli.
Cloudsley-Thompson(1952)Journal of Experimental Biology, 29, 295-303

単純な実験だろうと思って読み始めたら、ナカナカ複雑な実験で、しかも、様式がとても読みづらく、細かいところまで読み終わっていない。しかし、他のことで精一杯なので、忘れる前に、とりあえずメモ。

面白いところは、光反応や水分要求は、他の物理環境によって変化する、ということ。例えば、明るいときは、湿気をとても好むが、暗くなるとその程度は弱くなる。古いので、どこまで参考になるか分からないが、予定している実験と関係する結果がいくつかありそう。

面白い

早速、GMTで地図を作る。面白い。

例えば、下記のようなシェルスクリプトを実行する。

#! /bin/bash

pscoast -R120/150/20/47 -JM20c -Df -G100 -S255 -Ba10f10 -P -Lf145/22/30/500 > japan.eps

すると、

白黒

ができる。

#! /bin/bash

pscoast -R120/150/20/47 -JM20c -Df -G255/0/0 -S0/0/220 -Ba10f10 -P -Lf145/22/30/500 > japan.eps

と、少し書き替えると、

青赤

こんな風になる。ただ、どちらもWarning(注意)が出まくっている。

これはメルカトル図法だけど、他の図法もできるみたい。色の指定は基本的にどんな色でも可能。フォントなどは、あとから修正した方が楽かも。

R上でも動くらしいけど、今のところ私には出来ない。今すぐGISをやるわけではないので、しばらくは放置。そのうち、詳しい人に相談するのが現実的だろう。

画像ファイルの保存形式は、epsかpsファイルを指定できる。私は画像関係のソフトとして、無料のImajeJ、Gimp、Inkscape、を使っているけど、Gimpでのみ両方とも開くことが出来た。その後は好きな形式に変更できると思う。

地図作り

ML法は終了。結果も良好。MP法は2日ほど解析が進んだ昨日、PCが止まるという最悪の事態。とりあえず現実逃避して、土日にMEGAで解析することにした。ただ、MEGAでMP法した論文であまり見たことがないけど、、、。

ということで、幸か不幸かPCが使えることになったので、論文書きを進める。

論文を書くにあたって、著作権フリーの地図が必要。ただし、トカラ列島などの小さな島もきちんと描かれている必要がある。色々と探したが、沖縄が別枠で描かれていたりとあまり良いのが見つからない。以前は、不足部分はあとから描き足してた。

しばらくは地理分布の研究をする予定なので、このあたりの環境を充実させたいということで、ネットで探したところGMTというソフトがとてもすぐれていることが分かった。そして、悪銭苦闘の2日間が始まった。

Webに色々と記載されているのだが、私はスクリプト?UNIX?というレベル。用語を調べながら匍匐前進的に進んだ。

PC関連の用語
1.Xcode Tools:Mac OSXの開発環境
Macを購入すると付いてくるインストーラCDからインストールできる
Apple Developer Connectionの会員(無料)なるとダウンロードできる(私はこっち)
最新バージョン?
Mac OSX 10.6(Snow Leopard):3.2
Mac OSX 10.5(Leopard):3.1.3
Mac OSX 10.4(Tiger):2.5

2.Fink:UNIX環境向けに開発されたオープンソフトをMac OSXで使えるようにするプロジェクト。このHPから(良く分からないうちに)インストールできる

3.シェル:プログラムを起動や制御をするプログラムで、UNIXで使用される

4.UNIX:コンピュータを動かす言語の一つ

5.スクリプト:ソフトを制御する簡単なプログラム言語

6.シェルスクリプト:UNIXで使用する簡単なプログラム言語

7.binファイル:アプリケーション独自の形式で保存されたバイナリデータのファイル(拡張子)

8.バイナリ(binary):テキスト形式(文字データ)以外のデータ形式全般

9.PATHの設定(PATHを通す):プログラムのある場所を指定する?(コンピュータのファイル(プログラム)は必ずどこかのディレクトリ(=フォルダ)にあるので、その場所を指定すること?)

GMTのMac OSX 10.5へのインストール
色々と作業をしているうちに、どうにかインストールが出来たので、実は、やり方を覚えていない。

まず、Fink、XcodeTools3.1.3、を準備する。後者は必要だったのか不明だけど、Webには必要と書いてあったので準備した。その後、以下のどちらかの作業で上手くいったハズなんだけど、どっちか忘れた。

1.このHPを参考:
アプリケーション>ユーティリティー>ターミナルを開き、下記を打ち込むと、gmtがダウンロード、インストールされる。ターミナルへの入力は$より後ろを入力する。
$ sudo apt-get update
Password: 自分のパスワードを入力
$ sudo apt-get install gmt
Password: 自分のパスワードを入力

2.このHPを参考:
ターミナルに下記を打ち込む。
$ fink install gmt

ダウンロードしたソフトは、(私の場合)MachintoshHD内にswとして置かれ、gmtは、MachintoshHD>sw>share>gmtにある。

また、(私の場合)高解像度の海岸線のデータは別途、別途入手する必要があった。色々と試したが、良く分からないので、GMTのHPに行き、MIRRORS>TOKAI U>GSHHS1.10_full.tar.bz2をダウンロード・解凍後、それぞれのファイルのshare内のファイルを、sw>share>gmt>coast内に移した(2.1.0では上手くいかない)。精度が高くなったのか不明だが、とりえあず、それまで作れなかった、完全(f)でも画像は作れるようになった。

追記
1.PATH設定というものが必要みたいだけど、私の場合、swファイルがMachintoshHDにある状態で、ユーザー名フォルダ内にsh(例:program.sh)を置き、ターミナルで「$ /bin/sh program.sh」と入力すれば、shファイルは実行してくれる。多分、ユーザー名のフォルダにPATHが通っているのだろう。

2.PATH設定で、.bach_profileの変更が必要と分かり、下記のことを調べたが、結局、PATH設定はしていない(元々、指定されていた設置を利用?)。
.bach_profileを探す:ターミナルを起動させ、「$ ls -a」と打ち込むと色々と出てくるので、そこに.bach_profileあるか確認する。私の場合は無かった。作ることができる。

脚の動き

何も出来ずに終わった。ただ、授業を通して面白い発見がいくつかあった。そのうち青木著の土壌動物学を読んでいて気になったところをメモ。

1.ムカデは左右の脚が反対方向に動き、ヤスデは左右の脚が同方向に動く。

2.脚が短く体が地面に接する欠点を補うために体をくねらせる。

3.捕食性の土壌動物は(腐食性の動物よりも)動きが速いが、それらは普通、近づいてきた動物を捕まえる。つまり、チーターのように追いかけることはない(でも速い)。

4.土壌動物には、前進とほぼ同様に後退することができる動物が少なくない。

今年中にどうにかなれば良いと思っていた行動実験。そういう訳にはいかなくなり、慌てて色々と準備を始める。一番必要なのは、頑張ってくれるPCの気がするが。

昨日のブートストラップ119回というのはOTU119の間違いでした。相変わらず解析中で、終わる気配はない。

明後日か

分子系統の解析の続き。ML法は、PhyMLのオンライン版で対応する。塩基置換モデルGTR、ブートストラップ1000回で、解析に1日と16時間程度かかる予定。

パソコンでは、PAUPでMP法を実行中。ブートストラップ1000回の予定だけど、約6時間経った現時点で、119回目を実行中。

両方とも明後日か、終わるの。

Isolation of an iridovirus from two terrestrial isopods, the pill bug, Armadillidium vulgare, and the sow bug, Porcellio dilatatus
Federici(1980)Journal of Invertebrate Pathology, 36, 373-381

Cole and Morris(1980)と同年に出版された、ワラジムシ類からイリドウイルスを発見した、という論文。対象は、カリフォルニアのオカダンゴムシとPorcellio dilatatus(ワラジムシ属の一種)。

内容も大体似た感じ。感染個体(100%死亡)と健全個体(5%と45%)の生存率の比較やウイルスの形態などを調べている。とくに興味深かった摂食感染に関するとこのみをメモ。

1.体内にウイルスを注射した実験では、100%感染したが、ウイルス感染遺体を摂食させた実験では、1/15個体のみ感染が認められた。

2.イリドウイルスは、様々な組織に感染するが、昆虫において、餌の消化・吸収に関わる器官の中腸には感染しないことが知られている。

3.ワラジムシ類では、中腸では感染が見つかるが、肝膵では感染が見られない。ただし、ワラジムシ類では普通、中腸はあまり消化・吸収に関わらず、肝膵が消化・吸収に関わる。

4.これらのことから、消化の過程は、ウイルスの感染を妨げると考えられる。したがって、摂食による感染は起こりにくい(ただし、感染はする)ことを示している。

Cole and Morris(1980)はレタスにウイルスを混ぜて摂食させ、100%ではないが、感染を確認している。本論文では1/15個体というかなり低確率でしか感染していない。餌内のウイルス量が重要なのかな。ただし、どちらの摂食実験もシャーレに、感染遺体と健全個体を入れて、感染を観察しているので、厳密には摂食なのか、外皮からの感染なのかを区別できない。口に直接餌を入れるような実験をする必要があるかも。

また、P. dilatatusの野外の感染率は45%とのこと。調査地は、Cole and Morris(1980)と同じカリフォルニア。特別に感染率の高い場所なのか?オランダでは、数個体が見つかる程度なので(Wijnhoven and Berg, 1999)、日本の感覚に似ている。

指先

約96時間を経て、解析終了。結果は上々。

今日もダニ観察。ダニの面白いところは、やはり、形態の多様さ。しかし、作業は面倒。

行動実験の予備実験は、なかなか良い条件が見つからず苦戦が続いている。今年中には決着を付けたいのだが。

飼育していたヤモリが死んでしまった。しかも遺体の一部を、餌として入れておいたダンゴムシに食われてしまった。ヤモリはどのような壁でも登ることができるが、どのようにして壁にくっついているのかは比較的最近まで分かっていなかった。というのも、ヤモリの指先には、吸盤や粘着物質がない。

ヤモリ
ヤモリの指先。

実は、ヤモリの指先には毛が沢山生えていて、その先端の分子と壁の分子の間にファンデルワールス力が働くことで付着している。吸盤は空気の力を利用しているので、真空状態では使用できないが、ヤモリの指先を応用するれば、真空でも付着することが可能となる。当然、これからの宇宙時代での活躍が期待される。これも生物多様性の価値。

ローズキングダムは負けたのか。名馬が生まれる京都1800m新馬戦で、ディープインパクト産駒+武豊+池江厩舎、がナカナカ良い勝ち方をしたそうで。

小さい

72時間経過。解析、終わる気配がない。

今日は、久しぶりにダニを観察、、、小さい。

なぜか動きが鈍くなったハナダンを発見。丸まった後もしらばくジッとしている。ということで、丸まった写真を撮影。

ずれ

若干ずれてしまい、上手く丸まれない。形態的な問題なのかな?この写真を見る限りでは、後ろ半分が前半分より長いのか。

明日は、牡馬三冠の最終戦、菊花賞。ダービー1、2着のエイシンとローズが、神戸新聞杯でも1、2着となり、2強ムードだったけど、エイシンが回避。ローズの圧倒的1番人気になりそう。薔薇一族の悲願のクラシック制覇なるかな。

終わらない

48時間が経ったが、未だに解析は終わらず。

科研の申請書類の誤字脱字を事務の方が多数見つけてくれた。ありがたい。これを全員分やっているのか、、、すごい。

与那国調査は学園祭の日程に重ねる予定だったが、連休ということで若干ズレてしまった。11月22日~11月28日の予定。

青色ダンゴムシの論文読み。

A new iridovirus of two species of terrestrial isopods, Armadillidium vulgare and Porcellio scaber
Cole and Morris(1980)Intervirology, 14, 21-30

ワラジムシ類から初めてイリドウイルスを報告した論文の一つ。イリドウイルスの証明のために、吸光度、タンパク質解析、血清学的実験を行っているが、それらについてはあまり理解できず。現在では、電顕写真と塩基配列を決定して同定しているみたい。ただ、生態学的にも面白い記述があったのでメモ。

1.5月に個体群の15~20%で感染(青色)が見られ、感染個体は幼体~成体まで様々。

2.野外から採集した健全個体と青色個体を飼育すると、健全個体は6ヶ月間生存したが、青色個体は1~2週間で死んだ。

3.生体重65mgのオカダンゴムシから0.51 mg、生体重80mgのワラジムシから0.61mgのウイルスが抽出された。ウイルスの直径は135nm。

4.脂肪組織(fat body)?、血液細胞(hemocytes)?、および、神経細胞からウイルスが発見された。

5.幼体のワラジムシをウイルスを混ぜたレタスを餌として飼育すると12日で青くなり、成体にウイルスを注射すると7日間で青くなる。ただし、いずれの場合も100%感染するわけではない。

6.オカダンゴムシから抽出したウイルスを土壌性の甲虫幼虫に注射すると2週間後に青くなる。

基本的な知識がまとめられており勉強になった。生態で重要なのは、摂食、および、体内への注入のいずれでも感染することだろう。もちろん、取り込むウイルスの量は影響するはず。Wijnhoven and Berg(1999)の実験では感染個体の糞を食べても感染しないのはウイルスの量の問題だったのかも。遺体だとどうだろうか?先日、書き忘れたが、Grosholz(1992)の実験では、感染個体として、感染遺体を使っている(摂食か表皮からの感染かは不明)。

あと感染してから青色になるまで10日前後掛かるので、青色を感染個体として、感染率を調べると過小評価になる。また、健全個体への感染実験をする場合は、少なくとも20日程度、隔離飼育して変色しない個体を使用しないとマズいだろう。

Isopod iridescent virus(ワラジムシを虹色にするウイルス)をIIVと略することを提唱している。先日書いたようにInvertebrate iridescent virusも略してIIVとなり、ややっこしいので注意。恐らく、後者として使うのが、現在の主流だと思う。

ウイルスの論文を読んでいると組織の名称が沢山でてきて理解不能状態に落ち入る。ということで、色々と勉強しながら読むことになる。例えば、hemocoelは血体腔で、組織などの間に見られる隙間のこと。ワラジムシ類は開放血管系なので、心臓から押し出された血液は、始めのうちは血管を通って移動するが、そのうち血管がなくなり、体内にジワ~とあふれる(イメージ)。そこで、組織液(リンパ液)と混って血リンパ液となり、それが血体腔を通って隅々まで運ばれる。ウイルスの注射とは、この血体腔にウイルスを入れているようだ。

来学

24時間が過ぎたが未だに解析は終わらず。

本学の植物の先生が大学構内で撮影したゴキブリの写真に貴重な種があったということで、神戸大学の大学院生が採集のため来学された。土壌動物の専門家なので、詳しい情報を得られるだろうという期待を見事に裏切ってしまった。何も知らなかった。しかも、お土産をもらってしまった。先日まで長崎に採集に行っていたそうだ。

ゴキブリについて色々と教えてもらった。アクティブな人に会うとやる気が出てくる。今夜、夜行で帰るのだとか。

今日は一日中、Burmoniscusの種同定の再確認をしていた。標本の状態が悪くていくつか怪しいのがあるが、とりあえず終了。論文のメインは系統地理だけど、群集生態学的に面白いところがある。上手く書けるだろうか。

始まった

シークエンス結果を整理して解析を始めたら、ミスデータを入れていることに気づきやり直し×2回を経て、やっと本格的な解析に入った。とりえず、PAUPでNJが終了。ついで、MrBayesでベイズ法を昼頃から始めた。明日中に終わるといいな。

ということで、パソコンの動きが鈍くなったので、青色ダンゴムシの論文読み。

Some notes on the distribution and ecology of iridovirus (Iridovirus, Iridoviridae) in terrestrial isopods (Isopoda, Oniscidae)
Wijnhoven and Berg(1999)Crustaceana, 72, 145-156

オランダにおいて,イリドウイルス感染のワラジムシ類を調べた論文。一応、調査や観察をしているが、方法などについては詳しく書かれておらず、総説に近い。実験データがないので、信頼性は低いが、なかなか面白い記述が沢山あった。

1.変色は、まず腹側に青い粒状模様ができ、その後、背面が青くなる。

2.乾いた環境の方がより青くなる。

3.ウイルス感染の初期は行動に変化がないが、感染が進むと、光や水に対する反応が弱く・無くなる。

4.感染したTrichoniscus pusillus(日本にはいない)の寿命は、平均で32.8日(採集してから?)。

5.Federic(1980)が行ったウイルスを感染させた実験によると、オカダンゴムシは、感染後11日で青くなり始め、その17日後に死んだ。ワラジムシ属の一種(Porcellio dilatatus)は、14日後に変色、その20日後に死亡。

6.青色でも産卵はできる。このような個体は、恐らく、感染前に交尾していたと思われる。

7.感染経路は良く分かっていない。感染個体の糞を健康個体に食べさせる実験をした実験では、感染は認められなかった。Cole and Morris(1980)は、感染遺体の摂食と表皮の傷からの侵入により感染すると考えている。

8.Federici(1984)によると、感染には湿度の変化が必要であると考えられている。

9.感染個体は冬から早春にかけて多くなる傾向がある。これは、寒い時期は好適な環境が少ないため、好適な環境に集中分布し、感染しやすくなると考えられる。

他にも感染後の体色の変化や症状について詳しく書かれており参考なった。

光反応性の変化については、実は、ハナダンをくれた小学生(略して、ハナ小)が実験で発見しており、論文を読んでいてかなり驚いた。鋭い。そのメカニズムについては、良く分かっていないようだが、ハナ小は興味深い仮説を考えており、どうなのか期待。水反応については、専門家が丁度、来月、来学するので聞いてみよう。

さらに、発生する季節だが、これについても、実はハナ小が鋭い観察をしている。湿度の変化が感染に影響するというのもとても興味深い。何となく今後の実験モデルが整理できてきた。ただ、上記の3本の引用文献が、かなり重要な研究をしていそうなので、これをまとめてから、ハナ小とウイルスの専門家と相談しよう。面白い方向に進むと良いが。オレンジ・黄色個体も調べることになった。

ウイルスと群集

シークエンスの結果は、どうにかなりそう、と言ったところか。しばらく、実験は止めて、本格的に論文書きに入る。その前に解析か。

青色ダンゴムシの勉強も匍匐前進的に進める。

Interactions of intraspecific, interspecific, and apparent competition with host-pathogen population dynamics
Grosholz(1992)Ecology, 73, 507-514

P. scaberとP. leavisを用いて、イリドウイルスがワラジムシ類の種内・種間競争に及ぼす影響を調べた論文。

実験モデルは、A(P. scaber50+P. leavis50)、B(P. scaber100)、C(P. scaber50)を準備し、AとBの比較で種間競争、BとCの比較で種内競争の影響を調べる。

1.ウイルスが無い場合、種間競争と種内競争は同程度(AとBにおけるP. scaberの生存率が同程度で、ともにCよりも低い)。

2.ウイルスの感染率は、同種の密度はあまり影響せず、他種がいると高くなる(BとCにおいて、ウイルスの感染率に差はなく、Aにおいてのみ有意に高い)。

3.ウイルス感染が有る場合、餌の有無がP. scaberの生存率に影響を及ぼすが、ウイルスが無い場合は、そのような影響は検出されない。つまり、ウイルスの存在が、種間 and/or 種内競争に影響を及ぼす。

4.2から種間競争があるとウイルスに感染しやすくなることが分かる。ワラジムシ類ではhemocoele(血体腔)からウイルスが感染しやすいので(引用あり)、種間競争の結果、外皮に傷がつくとウイルス感染しやすくなると推測される。

5.ウイルス感染が競争に及ぼす影響については、ウイルスによる死亡率の評価が難しいが、競争関係を複雑にするだろう(私が理解できなかっただけ?)。

個体数密度、種間との関係、餌の量、を操作して、イリドウイルスがワラジムシ群集に及ぼす影響を調べている。さらに、野外と室内でも実験しており、それぞれで結果が少しずつ違ったりして解釈が難しかった。個人的には、他種がいるとウイルスに感染しやすくなるというところが面白かった。ウイルスの感染経路については、まだ、不明なところが多いみたい。しかも、動物群によって、経路が違うらしい。ワラジムシの感染経路に関する引用文献があったので、早速、取り寄せてみよう。

ちなみに、この調査地付近では、ウイルス感染個体が15-20%を占めるそうだ。私の経験では、1時間ぐらい探しても数個体見つかる程度なので、かなり感染率が高い場所だと思う。

初見参

茨城の小学生に、とても貴重なダンゴムシをもらってしまった。

ハナダン2
触角は無くなった。

名前は、ハナダカダンゴムシ、略すとハナダンか。オカダンゴムシと同じ属で、やはり、地中海沿岸原産の外来種。しかし、日本では、オカダンゴムシのような分布拡大が出来ておらず、ごく一部の地域のみ生息している。本物を初めて見た。

オカダンゴムシのようにキレイに丸まることができないと聞いていたが、確かに、上手く丸まれない。いや、上手く丸まれないのではなく、すぐに元に戻ってしまうのか?何となく運動能力も高い気がするし、丸まる行動と歩行能力の間にトレードオフがあるのかな?

ちなみに、写真は雄。オカダンゴムシの雄が真っ黒なのに対し、ハナダンは模様がある。なかなか興味深い。

和名のハナダカの由来は、頭部の出っ張り。

ハナダカ1

ウイルスの勉強

土曜日は、大学でイベントがあり、研究室の前で子供が号泣してた。ということで、PCR済みの2サンプルを精製して、さっさと帰る。月曜日に結果がでるかな?とりあえず、Burmoniscusの実験がこれで一区切り、、、にしたい。

今日は何だかやる気がでず、ダラダラと大学に来てしまった。行動実験の微調整に挑戦するが、あまり進歩せず。一晩ビデオ録画して、上手く作動するのか確認を行う。

ぼちぼち青色ダンゴムシの勉強を始めなければ、ということで、総説(Williams,2008)を読みつつ、必要そうな文献のコピーを依頼する。ほぼ無知なので、全て新しいことばかりで、なかなか面白かった。

1.イリドウイルスは、Iridoviridae科の総称で、この科には5属が含まれる(研究者による?)。

2.このうち2属(IridovirusとChloriridovirus)が無脊椎動物に感染する。

3.Chloriridovirusは直径が170-200μmで、主に、蚊に感染する。

4.Iridovirusは直径110-160μmで、昆虫やワラジムシ類に広く感染する。

5.この2属をInvertebrate iridescent virus(無脊椎動物を虹色にするウイルス)と呼び、IIVと略し、その後ろに番号を付けて種類を表す。例えば、蚊に感染するChloriridovirusはIIV-3。

6.ワラジムシ類から報告されているのは、IIV-31。

7.Williams(2008)の総説によると、日本におけるワラジムシ類のイリドウイルス感染の正式な報告はない。というよりも、イギリス、オランダ、アメリカからしか報告されていない。また、その大半が体色から判断したもので、電顕や遺伝子を調べた例はほとんどない。

8.(個人的に一番興味を持ったのはここ)感染したウイルスの直径が110-130μmだと体色は青や紫に見え、直径が160-200μmだと緑、黄色、オレンジに見える。これは入射光の反射がウイルスの結晶構造の影響を受けるせいだとか。詳しいことは良く分からないが、ブラッグの法則なるものが関係しているらしい。

論文の構成は大体決まった。あとは英語力の問題か。ウイルスの大きさで色が決まるというのは非常に興味深い。オレンジや黄色についても一度、調べる必要がありそう。

秋の競馬シーズンが本格化。今日は、牝馬3冠最後のレース秋華賞。録画してきたのに、結果を知ってしまった。メジロラモーヌ、スティルインラブに続いての3冠達成とのこと。昨日のデイリー杯を勝った牝馬も強かった。

最近、DVDとブルーレイをセット販売することが多い。どんなユーザーを対象にしているのか全く不明。多分、ブルーレイを持っていないDVDの購入者にブルーレイを買わせる魂胆なんだろうけど、効果あるのだろうか。しかも、良く分からないのが、DVD or ブルーレイ単体とセットの価格があまり変わらない。でも、セットは絶対に買わないと心に誓っていたのだが、、、買ってしまった。

ワーナーが絶対にDVD単体は販売しないと言っていた、シャーロックホームズ。絶対に面白いだろうなと思っていたので思わず。やはり、面白かった。黒魔術で人が殺されていくので、少しビビったが、最後はその魔術も全てトリックがあるとホームズが解決してくれた。アクションも良かった。ただ、時折、背景のCGがしょぼくなる。どうしたのだろうか。

500円で買った、ブラピとアンジーのMr.&Mrs. スミスも面白かった。これは期待していなかっただけに、かなり得した気分。

やってみた

卒業研究もそろそろ佳境に入る(入ってもらはないと、、、)だろうということで、自分の部屋にあった顕微鏡を実験室に移動した。したがって、顕微鏡を使う作業はしばらくできないので、それ以外の作業に集中する。

まず、最優先の課題は、Burmoniscusの論文を投稿すること。あと2サンプルをシークエンスに出して、実験は終える予定。

次いで、青色ダンゴムシの論文。これは全く知識がないので、かなりの勉強が必要。短報になるかな。

あとは、行動実験の実験方法の確立。これは面白そう。色々とやりたいことがあるので、脱線しないように気をつけることがむしろ重要か。

来年、どうなるか分からないので、11月に与那国に行くという無謀な予定を立ててみる。

以前からやってみたかったCCDカメラを使った調査風景の撮影。イメージと違ったけど、まあまあかな。ただ、動画ファイルがASFというMacでは扱いづらい形式で一苦労。色々とネットで調べたが、結局、うまくいかず、ぽんこつWindowsで形式を変換したが、とんでもなく時間がかかった。

このCCDカメラ、帽子に無理矢理つけているけど、本当は耳につけることができる。しかし、眼鏡のフレームがはいってしまうという完成度の低さ。

CCD1CCD2
ちなみに林内で一人で撮影してた。

本当はCCDカメラではなく、専用の機器で注視野解析をしてみたいのだが、100万円以上するので手がでない。教員の視線や生徒の視線を調べたら面白いと思うのだが。

CCDカメラも色々な人で比較したら、何か面白い発見がある気がしてる。ただ、この手の研究は意識させないことが重要なので、一工夫必要。

たまには

久しぶりのしゃべりっぱなしの講義。将来、小学校の先生を目指している人向けということで、あまり詳しいことは話さなかった。

伝えたかったのは、環境保全が目指すのは「持続可能な開発・社会」であり、生物多様性を保全するのは、それらを利用することで「持続可能な開発・社会」が実現できるから、ということ。

環境保全や生物多様性の考えは、決して原始的な地球を取り戻そうとしているのではない。

また、可哀想だから生き物を殺さないというロジックだけで生物多様性の保全をするのではない、ということも理解してもらいたかった。このロジックに心酔している人は、「昆虫標本を作るなんて、残酷な、、、」とか言ったりする。でも、ハンバーグは普通に食べたりするんだよね。生物を殺して授業することも、時には必要なんだよ、と伝わったかな。

そして、外来生物は生物多様性に大打撃を与える可能性があるので注意して、と展開した。

早速、ゴキブリから見つかった抗菌物質のネタも使わせてもらった。

下記のメールが届いた。マイクロソフトには、あまりお世話になっていないのに、どうして?と思い、ネットで調べたら、やはり、迷惑メールだそうです。

スパム

こわい

学生から嬉しい報告。良かった。頑張った結果が出ているようだ。しかし、自分自身には残念な報告が、、、助成金が落選しましたと。これで2連敗。ワールドカップの1次リーグだったら、敗退ほぼ確定といったところ。このままでは、来年の研究室運営に支障が。どうにか科研費を当てなければ。

有機溶媒使っている人向け健康診断に参加。基本的に有機溶媒は使っていないのだが、研究室にホルマリンとアセトンが置いてあるので、法律で(?)受診しなければならない。身長が4mm伸びていた、、、髪の毛のせいか。視力は壊滅的な状態。

シークエンス結果が帰ってきた。学生がやったサソリモドキはなかなか順調。ただ、どうしても欲しいサンプルが上手くいっていないのが厄介。自分のBurmoniscusは、残念な結果。プライマーを代えて、切り出しを試す。こちらもどうしても欲しいサンプルなので。

先日の調査の際に発見した、とっても怖いカカシ。きっと、地元の小学生の間では、少し動いた、とか噂になってしまうのだろう。

かかし
かかし2

ここにもいたか

久しぶりの実験の授業。中学校の教科書に載っている実験を実際にやってみよう!という内容。なかなか上手くいかず、慌ただしく時間が過ぎた。

木曜日に1回限りの講義がある。外来種ネタを中心にして、生物多様性の価値とCOP10について触れる予定。

どうしても気になってしまった昨日のとある調査地点のソーティングを行った。Burmoniscusらしき個体を発見したが、現地では、ヒメフナムシか?と疑問に思っていた。実体顕微鏡で観察したところ、Burmoniscusであることを確認。種については、さらに解剖が必要だが、恐らく、広汎種だろう。北限記録を更新。そして、青色個体も1個体のみ発見した。

青色

ロードキル

なかなか充実した採集だった。解剖しないと分からないけど、面白そうな種も採れている気がする。

大分と言っても行ったのは中津市だけなので、ほぼ福岡だけど。

英彦山の頂上付近では、ヒメフナムシだけで、コシビロを見つけることは出来なかった。いない、と断定するには、もっと詳細な調査が必要だけど、標高が高い地域で少ないことは間違いない。

英彦山周辺の道路を走っていたら、タヌキの死体を発見。傷はほとんどなく、まだ、キレイだったので、持って帰ってきた。剥製にしたいけど、少し調べたら難しそう。骨格標本はできるだろう。ただ、交通事故死なので、骨が砕けているかも。

タヌキ

開封

放置してあった封筒を恐る恐る開けてみたら、論文の初稿だった。急いで、構成して発送。やはり、封筒は開けて確認しないとダメだなと。

明日は、朝から大学とは関係ないお手伝いがあるので、それを終えたらコシビロ探しに出発することにした。天気も良さそうだし。人生初の大分に上陸する予定。大分、、、カメルーンのイメージしかない、、、。

ただ、最近、スズメバチのニュースを良く聞くので、少し怖い。

良かった

所属学生の嬉しい報告が届く。良かった。

ガンスコンロ、鍋、フライパンを買った。べつに料理をするのではなく、火曜日の授業に使うため。あと、ニンジンとジャガイモを買う予定。

サソリモドキ12サンプルとBurmoniscus9サンプルのPCRと精製が終了。明日、シークエンスに出す予定。水曜日には結果が出るだろう。サソリモドキは学生が初挑戦したサンプル。2サンプルは難しいかも。Burmoniscusはトカラの重要なサンプルなので、どうにか上手くいって欲しい。これが上手くいけば、論文書きに集中できる。

科研書類の下書きが終了。しかし、予算を大幅オーバー。日曜か月曜に修正、見直しをして、来週中には提出したいところ。

日曜と月曜は、少し遠出してコシビロ採集もしたい。でも、動画撮影もしたい。迷う。

ビビった

ピットフォールの処理を1ヶ所終え、残すところあと1ヶ所。明日で終わるだろう。

今日、処理中にカメムシのお尻から何か飛び出ていることに気づいた。顕微鏡で見てみると、、、幼虫?体内で孵化する種もいるのか?と驚いていたが、同じような状態の甲虫を発見。どうやら交尾器みたい。ビビった。そもそもカメムシは、不完全変態だし。

カメムシ1
カメムシ2

昨日から始めた予備実験は、さらなる改良が必要ということが分かった。

大学院生の授業で、透明標本を作ることにした。上手くいくと良いが。

またまた

ノーベル化学賞は日本人だったようで。全く知らない分野でした。スゴい人が沢山いるもんだ。そして、まず予想は当たらない。

物理学賞も良く分からない分野だけど、まっ、本人もコメントしてたけど、カーボンナノチューブの飯島さんの受賞は少し難しくなったみたい、というのは素人にも分かる。

炭素の同素体では、炭素原子が60個集まって出来ているフラーレンの発見が化学賞を受賞している。今回の物理学賞は、炭素原子が1枚のシート状になっているグラフェンを作り出した業績が対象。飯島さんは、このグラフェンが筒状になっている状態を発見し、ノーベル賞の有力候補となっていた。

ノーベル賞の記事を読んでいたら、明日締切の書類に時間を費やしている場合ではない、と、良く分からない気分になり、思い切って提出してしまった。文句を言われるだろうか。

合間にPCRをしてみたが、トカラ列島のBurmoniscusがどうしても2本バンドが出てしまう。切り出しをしようと思い、キットを用意するが、、、ナゼか、一つだけ薬品がない。どうして?明日、アニーリング温度を上げて試して、ダメなら、薬品を購入するか。

これまでとは趣向が異なる研究を始めることにした。とりあえず、予備予備実験が終わったので、予備実験を始める。やはり、研究は面白いね。

実験
見た目が悪いな。

ぞくぞくと発表

ノーベル生理医学賞は、試験管ベービーの発明者でしたか。バチカンが批判をしたらしいが、科学技術的にはスゴい進展だったことに間違いはない。難しいところ。

期待されていた山中伸弥さんは数年後、IPS細胞を使った治療法が確立されてからかな。

イグノーベル賞は、あの粘菌チーム。代表者は2度目の受賞だそうだ。スゴい。とても有名な研究だけど、日本のオリジナル研究だったのか。前回は、粘菌が迷路を脱出する研究。今回は、地図上に粘菌にネットワークを作らせると、鉄道網よりも効率的なネットワークが作れるという研究。面白い。

シークエンスの結果が帰ってきた。Burmoniscusはまあまあ。コシビロは困った結果。

まずはこっち

とうとう授業が始まった。研究のペースをどこまで落とさずにいけるか。

放置していた書類のいくつかが締切を過ぎていたようで、催促の電話が、、、申し訳ない。他にも開けていない封筒がいくつかある。

しかし、しばらくは科研費書類作りに集中しなければ。色々と悩んだが、結局、王道で攻めることにした。文章を書いたり、図を作ったりして、約半分の下書きが終了。

図

ピットフォールを1ヶ所処理する。あと3ヶ所残すのみ。明日は朝から会議があるから、難しいかな。

大物

10~11月ぐらいがコシビロの繁殖時期だろうと思われるので、できるかぎり、福岡のコシビロの採集をしておきたい。ということで、昨日は、福岡県の北部に位置する北九州にコシビロ採りに行くが(といっても2地点)、ヒメフナしかいない。環境はなかなか良い感じだったけど、標高が高かったのか。緯度と標高の関係は面白そう。先日の南九州の6地点では、全ての場所でコシビロが採取できた。

途中で雨が降ってきたので、急遽、退散。帰りに大学の近くの神社で調べたら簡単に採取できた。

北九州のスギ林内でアマビコヤスデ?を見つけた。黄色と青色の割合にかなり変異がある。先日の調査のときもかなりの数を見つけたけど、この時期は多いのか?単純に、福岡であまり調査をしていないだけで、普段から多いのかな?

アマビコヤスデ

多足類の脚の動きはなかなか興味深い。これについては、もう少し詳しく調べる予定。こちらから動画が見られます。

今日は、のんきに過ごしていたが、最近、ピットフォールのソーティングをしていないことを思い出し、強迫観念にかられ大学に来てしまった。1地点だけソーティング。残り4地点。

マイマイカブリが入っており、ちょっと嬉しかった。沖縄では味わえない感動(いないので)。

マイマイカブリ

とーん

一昨日は教育実習生の授業を見るために附属の中学校に行った。なかなかの完成度で授業をしていたと思うが、コメントを求められ色々と言ってしまった。十分に頑張っていたと思う。

イスの脚にテニスボールを刺していた。消音の為だそうで。今時は普通らしい。

イス

観察終了後は、一泊して、福岡南部でコシビロ採集をして帰ってきた。簡単にソーティングしたが、興味深い種が採れていた。久留米に出張する楽しみが出来た。

林縁ではクモの巣が、最盛期かのように大量に貼られていた。トーン記号みたいな隠れ帯があった。トーン記号かと思ったら、ト音記号なのか。

トーン記号

昨夜、たまたま見ていたテレビに五箇さんが出演していた。先日もタケシの番組に出てたけど、外来種問題がメジャーになりつつあるのかな。もともとはダニの研究者だけど、最近では、外来種の研究が有名。テレビに出ている研究者は怪しい人も多いけど、この人は本当に有名な生態学者。
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