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ササラダニのミトコンドリアゲノム

サンプル瓶の洗浄のため、かなりの数の(きつく締められた)瓶の蓋を開けたため、両手ともに3ヶ所ずつマメができ、そして、つぶれた。

今日で、前期入試が終わったみたい。静かな2日間だった。と言っても、3月は学生はほとんど大学に来ないかな。

さて、以前から読もう読もうと思っていたけど、遺伝学が苦手な私には、なかなか手を出せなかった下記の論文をどうにか読んでみた。

The complete mitochondrial genome of the sexual oribatid mite Steganacarus magnus: genome rearrangements and loss of tRNAs
Domes et al. (2008)
BMC Genomics, 9:532

ササラダニの一種、Steganacarus magnusの全ミトコンドリアゲノムを解明した論文。
1)本種のミトコンドリアは、13818 bpから成り、13個のタンパク質、2個のrRNA、6個のtRNAをコードしている。
2)普通、節足動物は22個のtRNAをコードしているが、ササラダニはそのうちの6個しかコードしておらず、また、さらにそのうちの2個(tRNA-HisとtRNA-Pro)のみが本来(他の節足動物から推測される)の位置にある。
3)全タンパク質をコードしている遺伝子のアミノ酸配列を用いて、(それらが解明している)クモ形の動物群を対象に系統解析を行った結果、ParasitifomrmesとAcariformes(ササラダニが含まれる)はそれぞれ単系統を示した。しかし、それらは姉妹群の関係にはなく、Acariformesの姉妹群としてクツコムシが示された。ただし、この関係は、ベイズ法では支持されるものの、近隣結合法のブートストラップでは支持されない。
などが明らかになった。

2次構造なども検討されているが、私にはすぐには理解できない。また、論文では、他のダニと比較検討しているが、(当たり前だけど)異なる部分が強調されており他種の詳細な記述はないので、ササラダニのミトコンドリアがどの程度、他のダニやクモ形と比べて特殊なのかは私には現時点では不明であるが、tRNAが6個しかないというのは、キット特殊なんだろう、、、多分。

それにしても、ササラダニのこの分野の研究は、かなり日本は遅れてしまった気がする。最近、やっと私も手を出し始めたが、どうなることか、、、。

本論文を読むに際に勉強したことをメモ。
リボソーム:大小の二つのサブユニットで構成される。
サブユニット:リボソームRNA(rRNA)とリボソームタンパク質で構成される。
リボソーム(のサブユニット)を表すSは沈降速度のことで、値が大きいほど分子量が大きい。
ミトコンドリア:タンパク質、rRNA、tRNAをコードする遺伝子をもつ。rRNAは必ず二つコードされている。tRNAの数はさまざま。
ヒトミトコンドリア:22個のtRNA、2個のrRNA、13個のタンパク質をコードしている。
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プリンターのクリーニング

ピットフォール用に塩ビ管を切断して、半日が終わってしまった。

最近、Canon LBP3300(プリンター)で印刷すると細かな黒点が印刷されてしまう。ネットで色々と調べた結果、定着ローラをクリーニングすると良くなるかも知れない、ということなので、挑戦することに。

Mac OS 10.5.8では、以下の通りにするとクリーニングできる。
1.システム環境設定、をクリック
2.プリントとファックス、をクリック
3.プリントキューを開く、をクリック
4.ユーティリティー、をクリック
5.ツールバーのオプション、をクリック
6.クリーニング、をクリック。A4紙がセットされていること。

結局、改善されず。

ダラダラと

今日は、卒論の手伝いで、枝葉採集とワラジムシ採集を行った。両方とも面白い研究になりそうなので楽しみ。

昨日は、2月になって初めて、日曜日を自宅で過ごした。DVDと競馬鑑賞をしてダラダラと時間が過ぎていった。

DVDは、鶴瓶の演技が評判の「ディア・ドクター」を観た。医者の話なので、誰かが死ぬだろう、嫌だな、と思っていたけど、誰も死ぬこと無く終わってホッとした。

鶴瓶は、田舎の唯一の医師の役。でも、本当は医師免許を持たない、というブラックジャック的な設定。かといって、技術が素晴らしいというわけではない。話の核となるのは、胃がんを患っている八千草薫とのやり取り。八千草薫の娘は(本当の)医師で、母としては娘に病状を知られたくない。そこで、鶴瓶のとった人情味あふれる行動が感動を呼ぶ、といった展開。個人的にはこの手の話は好きなので(誰も死なないし)、面白く観られた。鶴瓶は、役と本人のキャラクターは合ってたけど、演技が上手いのかは分からない。キット、人情味あふれる医師役には合っているのでしょう。ハリウッドで言えば、ロビン・ウィリアムス的存在か。むしろ、香川照之、余貴美子は名作にはいなくてはならない存在であることを実感した。そして、瑛太も。

今年最初のG1、フェブラリーSは、1番人気のエスポワールシチーが圧勝。ドバイWCに行くのかね。サッカーよりは期待できそうだけど。土曜日は、ブエナビスタが京都記念を圧勝したらしい。こちらはドバイシーマクラシックに行くことが正式に決定したみたい。どうなることか。私は馬券を買わないので、1番人気が強い勝ち方をした方が面白い。先々週のダイアモンドSでも、エアグルーブの仔、フォゲッタブルが1番人気で勝っており、春G1へ楽しみが増えた。

筋肉痛、年寄りは遅れる?

19日の毎日新聞朝刊のネタ。

「筋肉痛は年をとるほど後から来る」は、科学的には否定されているみたい。野坂さんという方の研究では、年齢よりも運動の種類によって筋肉痛が起こる時間が異なることが示されている。そのグラフ(本人のデータ)をみると、マラソン、バトミントン、サッカーは直後から翌日、懸垂、腕立て伏せは2日後に筋肉痛になるらしい。ということは、、、若い人は競技スポーツで筋肉痛になり、年寄りは筋トレで筋肉痛になるということか。

ちなみに、準備運動をしても筋肉痛は軽減できないみたい。

卒論でやったら面白そう。26歳の時に自分で実験をしたということなので、大学院のときにやったのかね。

アフリカマイマイ

今日は、久しぶりにササラダニのソーティングをやってみた。最近はワラジムシばっかりやっているので、体サイズの小ささに嫌になるが、形態の多様性はやはり魅力的。近いうちに、本学にもSEM?が設置されるらしいので、ササラダニのSEM図鑑でも作ってみたい。

沖縄で見つけた世界最大のカタツムリ、アフリカマイマイ。世界の侵略的外来種ワースト100に選ばれている。日本では、南西諸島と小笠原、鹿児島(離島ではない)から報告されている。那覇空港には、芋や柑橘類の苗木などと一緒に、県外への持出し禁止ポスターが貼ってあった。そもそもは食用として持ち込まれたらしいが、寄生虫のせいで死亡することもあるので、食べない方が身のため。沖縄島では、場所によっては大量に生息していた。

アフリカマイマイ

イボイモリ

ヤンバルのとある場所でイボイモリを見つけた。土壌を這っているので一応、土壌動物。絶滅危惧II種に分類されているらしいけど、今回見つけたのは、林縁の比較的乾燥している環境だった。

イボイモリ

原始的な形質を有していることから遺存種とか生きている化石と呼ばれている。

現在は奄美諸島と沖縄諸島に隔離的に分布しており、近縁種が中国大陸に分布していることから、昔、広く分布していた祖先種の一部が奄美・沖縄が島嶼になったとき隔離され、そのような環境では天敵が少ないため、原始的な形質を残したまま生存してきたのだろうと考えられているそうです。

青いワラジムシ-Iridoviruses

とうとう福岡に帰ってきてしまった。

昨日は、那覇市と沖縄市で採集をしてから帰ってきた。

那覇市のとある公園で採集したとき、なかなか面白い発見をした。那覇市など沖縄島南部は琉球石灰岩から成るアルカリ性土壌であり、リター溜まりには、しばしば大量のヨコエビやワラジムシが生息している。ヨコエビの種名は不明だが、ワラジムシはBurmoniscus okinawaensisの可能性が高い。

上記の公園で、きっと、B. okinawaensisだろうなと思いつつ採集していたところ青い個体を発見をした。

Bur_iridoviruses.jpg

これは色彩の多型でなく、恐らく、Iridovirusesに感染していると思われる。Iridovirusesは日本語では虹色ウイルスとも呼ばれ、様々な動物に感染する。ワラジムシ類の感染例も多く、日本でもしばしば青いダンゴムシが報告されている。

Iridovirusesの宿主を調べた下記の論文によると、世界中から18種のワラジムシ類が報告されているが、本属の報告はない。そもそも、日本からの正式な報告はないのか、この論文では日本からの感染の報告はなされていない。

Natural Invertebrate Hosts of Iridoviruses (Iridoviridae)
TREVOR WILLIAMS
Neotropical Entomology 37(6):615-632 (2008)

もう少し詳しく調べてから論文にしたい。ちなみに、青いダンゴムシ、ワラジムシを発見したら連絡頂けると助かります。

沖縄4日目

今日は、本部半島と名護岳周辺で採集。

本部半島は石灰岩地域なので、簡単に採取できるだろうと気軽に考えていた。数年前の調査で、撹乱環境には、Burmonicus okinawaensisが多いことが分かっていたので、今回は状態の良い森林をメインに採取する予定だったが、これがなかなか良い調査地が発見できない。嘉津宇岳周辺で数カ所採集をしたが、数はあまり採れず、コシビロについてはほぼゼロ。名護岳も同じような状況。

明日は、南部で採集してから帰宅。

沖縄3日目

今日は、与那覇岳とネクマチヂ岳周辺で採集。

ともにヤンバルを代表する山で(と言っても500mと360m)、生物相を調べる上で非常に面白い。沖縄北部のヤンバルの大部分は国頭マージと呼ばれる酸性土壌で、与那覇岳もそれに含まれる、、、多分。一方、ネクマチヂ岳周辺は石灰岩、つまり、アルカリ性土壌から成る。ということで、植生が大きく異なり、動物も分類群によっては大きく異なる、、、だろう。

今回の採集で、等脚類は、少なくとも個体数は大きく異なることが分かった。そして、今回のサンプルを使って、種や遺伝レベルの解析をする予定。

でも、今日は時折、強い雨が降って、採集効率はかなり悪かったんだが。

明日は、本部半島で採集して、那覇に移動する予定。

沖縄2日目

今日は、ヤンバルの北部、西銘岳、辺野喜ダム、照首林道、大国林道(D論調査地)周辺で採集。

Burmoniscusはそれなりに数が採れたが、コシビロは鹿児島と同様、苦戦してしている。倒木下にいることが多いが、場所によってはほとんど採れなかった。しかし、沖縄は暖かいためか、鹿児島では全く発見できなかった動く個体がしばしば見つかる。かといって、見つけやすい訳ではない。

天気予報によると今日の最高気温は26℃、、、真夏日。明日は10℃近く下がるらしい。

色々と写真を撮ったけど、カードリーダーを忘れたの掲載できない。

明日は、ヤンバルの南部で採集予定。

in 沖縄

先日、鹿児島で服に付着していたマダニは、タカサゴチマダニの可能性が高いとアドバイスを頂いた。マダニは、日本紅斑熱リケッチアを媒介するので、刺されないにこしたことはない。学生と夏に山に行くと、「暑い」といってすぐに半袖になってしまうが、これからはきちんと注意しなければ。

さて、全ての仕事ほったらかし、今日から沖縄入り。暖かいというよりは暑いくらいで、冷房を入れたいほど。

到着早々、琉球大に行き、色々と情報収集した後、名護に到着。名護をベースにして、14日まで、コシビロ、Burmoniscusを狙う。サソリモドキも狙いたいが、今回は難しそうな様相。

琉球大に寄った際に、沖縄の鳴く虫、という本を著者から直々に頂いた。CDが同封されていて鳴き声を聞くこともできる。アマゾンでは購入ができないみたい。写真がとてもキレイ。こんな写真を撮ってみたいが、なかなか上手くいかない。

メールは受け取れるが、送信はできないみたい。

鹿児島

ワラジムシ論文をどうにか共著者に送った。英語力の低さが深刻な状況であることを再認識してしまった。

明日から沖縄島に調査に行く予定。忘れる前に鹿児島の行程を整理しておく。

2月2日 夜、鹿児島入り。
2月3日 枕崎市、南さつま市でサソリモドキを採集。
2月4日 南さつま市の金峯山、鹿児島市の慈眼寺公園、日置市の自然の森公園周辺でのワラジムシ採集を経て、いちき串木野市へ。
2月5日 薩摩川内市の藺牟田池、姶良町の県民の森周辺でのワラジムシ採集を経て、霧島市へ。
2月6日 鹿屋市のかのや霧島ヶ丘公園、おおすみ自然休養林周辺でのワラジムシ採集を経て霧島へ戻る。
2月7日 霧島市の黒岩岳、霧島神宮周辺でのワラジムシ採集で終了。

合計15地点で採集を行った。移動距離が長いので効率はあまり良くないかも。

枕崎市のサソリモドキ調査中に、かなりの頻度でヤンバルトサカヤスデを発見した。ヤンバルと冠名がついてるけど、そもそもは台湾で新種記載され、沖縄にも移入されたと考えられている。それが徐々に北上し鹿児島、最近では静岡でも確認できるそうだ。

ヤンバルトサカヤスデ
多分、ヤンバルトサカヤスデ。

薩摩川内市にある藺牟田池というのは、今回の調査で始めて知った。火山によってできたカルデラ湖で、池はいくつもの山で囲まれている。池自体はさほど大きくないが、泥炭が発達しており、貴著な生物の生息場所になっているらしい。ラムサール条約に指定されているそうです。

いむた池

この時期はスズメバチもおらず、九州なのでハブの心配もない。ということで気楽に山に入ってたけど、車内でふと腕をみるとマダニが這っていた。種名は分からないが刺されると厄介なことに場合もある。

マダニ

鹿屋市では、始めての火山灰を経験。林内は全体的に白っぽくなり、歩く度に下草に積もった灰がまって大変なことに。しかし、そこで、地面を掘り返してダンゴムシを探したけど。

火山灰
葉に重なって灰が掛かった箇所とそうでない箇所が明瞭。

冬の鹿児島

昨日、鹿児島から帰ってきた。最近のホテルはどこでもLANに接続できるだろうと考えていたが、今回の行程の5泊のうち、接続ができたのは2泊だけだった。あらかじめ確認をしておかなければダメだね。

サソリモドキは、サイズは小さいものの、目標だった10個体を採取できたので、とりあえずは満足。

コシビロは、なかなか苦戦した。スギの倒木の下に多い傾向はあったが、そこを探せば必ずいるというわけでもなく、照葉樹でも腐植層を掘ってると稀に発見され、結局のところ、ゲリラ的にひたすら土壌を掘り返すという作業をせざるをえなかった。

Burmoniscusはそこそこ数がとれた。顕微鏡で少しだけみたが、ほとんどはB. okinawaensisだが、面白そうな種も取れている。はやくDNAの解析をしてしまいたいところだが、予算の関係上、実験は4月以降かな。

2月の鹿児島は野外調査をしてもそれほど辛くはなかった。ただ、指先はしんどかったけど。夏よりはかなり楽だと思う。

忘れないうちに行程の整理をしたいが、今はそれどころではない。やるべきことが溜まってしまった。しかも、明後日は沖縄に出発。

いちき串木野

メールは受信はできるが、送信はできない。

昨日は、枕崎市を中心に薩摩半島の南部の調査を行った。今回の調査の最大の目的だったサソリモドキをどうにか10個体採集することができた。しかし、かなりの小型ばかり。1年生の動物ではないので、この時期、大型個体は地中に潜ってしまうのだろうか。

今日からはコシビロ狙いに変更。登山本などを参考にして、状態の良い照葉樹林を中心に探していたが、全く発見できない。オカダンゴムシもそうだが、この時期、なぜかダンゴムシ類は地中に潜ってしまう。発見できないのは、潜ってしまったせいなのか、そもそもいないのか、悩んでいるうちに、昨年、卒論でスギ林を調査したときに良く見つけたことを思い出した。ということで、スギ林を中心に調査をしたら、そこそこ発見できた。

今日は、いちき串木野市というところに宿泊。明日は、薩摩川内市、さつま町で調査をして、霧島市で宿泊の予定。

開放されて

卒論発表会も無事?に終わり、発表者以上に開放感に浸ってしまっている。

早速、昨日は今夏から本格的に始まるヒノキ林研究の調査地選定に行って来た。運悪く悪天候だったが、なかなか良い調査地を選定できた。3月までに調査用の方形区を設置し、ピットフォールも設置してしまいたい。せっかくなので、色々と調べてみたいが、労力的にどうなることか。

そして、現在は鹿児島に。明日、早朝から枕崎に向かい、サソリモドキを狙う。そして、今年の主役になるであろうコシビロも採集する予定。日曜日までいる予定なので、薩摩半島を中心に、県内全体を対象としたい。
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