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OpenOffice impressの画像ファイル

とうとう明日が卒論発表会。今日は地学と理科教育が発表会を行っている。

さて、発表会などのプレゼンテーションでは、MSのPower Pointが使われることが多いが、最近ではOpenOfficeのimpressが使用されることも増えてきた。このソフトはファイルサイズを軽減するためか、画像を挿入した場合、ファイル内に取り込まれておらず、リンク状態のことがある(Power Pointもできると思うが)。このままの状態だと、別のPCに移動して作動させた場合、画像は見られない。対応策としては、リンクを外せば良い。

「挿入」→「画像」→「ファイルから」としたとき、「リンク」のチェックを外すことで、ファイル内の取り込むことが可能となる。また、「編集」→「リンク」→「取り消す」でも可能。

ピクチャ 2
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メダカの遺伝的多様性

体調不良の峠?は超えた感じ。やはり健康が何より大事だということを痛感した数日だった。

大学事務室で、「九州北部の野生メダカ」という興味深い冊子を発見。著者は興小田さんという小学校の先生。福岡、佐賀、長崎のメダカの遺伝子型を調べ、北九州から糸島まではB15型、福岡東区から佐賀まではB17型、長崎には有明・薩摩・琉球型が生息していることを明らかにし、B15型とB17型の境界部では同一河川で2型が共生している場所もあることも報告している。そして、これらの結果を踏まえ、メダカの放流の危険性を指摘している。
つまり、同じメダカであってもその土地ならではの遺伝子型が存在しており、別の土地から別の遺伝子型のメダカが導入されると遺伝子交雑を行い、固有の遺伝子が消失する可能性があるからである。いわゆる遺伝子汚染である。

メダカは非常に愛着がわきやすいだけでなく、発生の観察が容易なことから学校教育にしばしば利用される。その際、地元の河川から採集したメダカではなく、市販のメダカや研究室から譲り受けたものを使用する場合、それらが絶対に野外に逃げ出さないように注意しなければならない。もちろん、放流などはもってのほかである。

学校現場では、生徒に生命の尊重について教えなければならないが、その結果、何でもかんでも野生に帰すことが良いと、と勘違いしないように気をつけなければならない。それぞれの土地には、長い時間をかけ進化した生物が生息しており、それらが今後も進化できる環境を残すことがもっとも重要であるという考えを持つ必要がある。ビオトープなどを用いた環境教育が学校現場で盛んに利用されており、このような素養をもった教員がこれから重要になるだろう。少しでもその役に立たなければ。

ちなみに、この冊子の内容はHPでも見られます。

最悪だ

昨日、一昨日と発熱で完全にダウン。病院で点滴を打つはめに。飲み薬のせいなのか、まだ頭がボーっとする。とはいえ、どうにか熱は下がったので、とりあえずは良かった。

ただでさえ仕事をためていたにも関わらず、2日間、完全にクラッシュしてしまったため、状況はさらに悪化。どうにか研究とは全く関係ない仕事を2つ終えたが、まだまだ、色々と残っている。そして、☝の体調不良は全く別理由で生じた右腕の痛みがかなりしんどい状況になってきており、何をするにも辛い。これが、噂の歳のせい?最悪だ。

乗り切る

私の所属している教室は、来週の日曜日に卒論発表会がある。土日に発表会をやるのは珍しい気がするけど、、、自分の場合はどうだったかな。忘れた。博士論文の発表会がバレンタインデーだったのは覚えている。当然、その後に飲み会があり、研究室の学生や知人は参加してくれたわけだが、今思えば、良い迷惑だったね。

発表会1週間前ということで、今日が発表会の講演要旨の締切。当然、仕事の早い人は金曜日までに提出し、わざわざ土日に大学に来ないのだが、週末に大学に来て作業をせざるをえない、ある意味、頑張り屋の学生もチラホラ。というよりも、私の研究室の学生はほぼ全員だったりする。

色々と締切間近の仕事がたまってしまった。どうにか打開しなければ。2月は現実逃避、、、野外調査があるので、それを楽しみにこの1週間を乗り切るしかない。

早い

先日、4年ぶりに出会ったプロシーディングは早くも初稿が戻って来た。どうにか出版してくれるらしい。
タイトルは、Oribatid communities (Acari: Oribatida) associated with bird’s nest ferns (Asplenium nidus complex) in a subtropical Japanese forest – a mini-review。どのような形で出版されるのかは不明。何かの雑誌の特集号かね。内容は博士論文のミニレビュー。5ページの予定。

福岡発祥の焼きラーメンというのがあるみたい。美味しいらしい。そのうち機会があれば食べてみたいが、、、いつになることか。

4年の歳月

2006年の国際会議のプロシーディングの修正が昨日、届いた。新しいPCになった際に、ファイルを捨ててしまったらしく、古いバックアップ用のCDをひたすら探すハメになった。どうにか発見して、修正版を再投稿。掲載されてくれると良いけど。

私の場合はレヴューだったからよいけど、原著の人は4年も待たされて大丈夫なのかね。

分子時計の論文

なぜ、仕事は時期が集中するのだろうか。ということで、現実逃避して論文書きに集中してしまう。

忘れないように分子時計関係の論文をメモ。

Molecular systematics and phylogeography of the gigantic earthworms
of the Metaphire formosae species group (Clitellata, Megascolecidae)
Chang et al. 2008. Molecular Phylogenetics and Evolution 49, 958-968
ミミズから推定 4.8% / 100万年(COI)

A phylogeographic study of the Japanese earthworm, Metaphire sieboldi
(Horst, 1883) (Oligochaeta: Megascolecidae): Inferences from mitochondrial
DNA sequences
Minamiya (2009) European Journal of Soil Biology: 45, 423-430
Chang et al. (2008)の4.8%をシーボルトミミズのCOIと16Sに利用.

Rapid morphological radiation and convergence among races of the
butterfly Heliconius erato inferred from patterns of mitochondrial
DNA evolution
Bower (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA: 91, 6491-6495
複数の節足動物群から推定 2.3% / 100万年
本論文ではこの値をチョウに利用.

Rapid evolution to terrestrial life in Jamaican crabs
Schubart et al. (1998) Nature: 389, 363-365
カニで推定 0.65% / 100万年(16S)、1.66% / 100万年(COI)

Microevolutionary processes in the stygobitic genus Typhlocirolana (Isopoda
Flabellifera Cirolanidae) as inferred by partial 12S and 16S rDNAsequences
Baratti et al. (2004) J. Zool. Syst. Evol. Research: 42, 27–32
Schubart et al. (1998)の0.65%をIsopodaの12Sと16Sに利用.

Genetic divergence of three freshwater isopod species from southern New Zealand
McGaughran et al. (2006) Journal of Biogeography: 33, 23-30
Freshwater Isopodaに引用して利用 2.0-2.3% / 100万年(COI)

Spatial population structure in a patchily distributed beetle
Roslin (2001) Molecular Ecology: 10, 823-837
甲虫に引用して利用 2.0-2.3% / 100万年(COI)

Phylogeny of the genus Hegeter (Tenebrionidae, Coleoptera) and its colonization of the Canary Islands deduced from Cytochrome Oxidase I mitochondrial DNA sequences
Juan et al. (1996) Heredity: 76, 392-403
甲虫に引用して利用 2.0% / 100万年(COI)

After the deluge: mitochondrial DNA indicates Miocene radiation and Pliocene adaptation of tree and giant weta (Orthoptera: Anostostomatidae)
Trewick and Morgan-Richards (2005) Journal of Biogeography: 32, 295-309
バッタに引用して利用 2.0% / 100万年(COIと12S)

Biogeography of Japanese wood-feeding cockroaches genus Salganea and Panesthia (Blaberidae: Panesthiinae)
Maekawa and Matsumoto (2003) Molecular Phylogenetics and Evolution: 27, 156-159
ゴキブリに引用して利用 0.13-0.30% of Transversion (TVs) differences / 100万年(COII)

Genetic and geographical differentiation of Pandaka gobies in Japan
Mukai et al. (2004) Ichthyol Res: 51, 222-227
ハゼに引用して利用 0.11% of Transversion (TVs) differences / 100万年(12Sと16S)

肩こり

肩の痛みがかなりしんどい。ということで、何らかの手を打つことにした。

肩こりと言えば、ピップエレキバン。磁石を貼ると、磁力の効果により血行が良くなり、肩こりが治るというもの。個人的にはかなり怪しいと思っている。色々と調べてみるとやはり批判的な意見があり、学術的にも否定している人がいる。また、装着することによって、良くなった気がする可能性もあるらしい(プラシーボ効果)。一方で、効果ありという結果もあるようで、詳しいことは良く分かっていないというのが現状みたい。そもそも肩こりの原因も多様なようなので、その治療法も多様にならざるを得ないのでしょう。しかし、このように科学的に証明されていないものを使用する場合は、「上手くいけば儲け物」ぐらいの気持ちで使用するべきでしょう。まっ、そこにつけ込んで悪徳商法が行われるだろうけど、、、。

少なくとも、ピップエレキバンがこれほど売れて、日本でとくに問題になっていないということは、少なからず、(プラシーボ効果かもしれないけど)効果が出ている人もいるんでしょうね。リピーター無しでこれだけ売れるとは思えない。プラシーボ効果でも、何でも良いから痛みが無くなってほしいということで、ピップエレキバンを試してみることにした。んっ、こうやって売れるのか。

野外に行こう

先ほどセンター試験終了のチャイムがなった。やっと終わったらしい。

今日は気合いを入れて論文書きをするはずが、午前中は全く集中できなかったので、思わず、ササラダニのソーティングをやってしまった。

今年は野外調査に行く機会を増やしたいと考えている。とはいえ、4月から新年度が始まると、長期の出張は難しくなるよな~とか考えているうちに、無理にでも2月と3月に出掛けなけなければならない不安感にかられてしまった。ということで、2月上旬に鹿児島、中旬に沖縄、3月中旬に生態学会に発表するついでに八丈島に行くことにした。サソリモドキとコシビロダンゴムシをメインに狙う予定。

最近、首の付け根がかなり痛い。首を一周回すことすらできない。寝違えか、寒さのせいで無理な力が掛かっているのだろうと思っていたけど、もしかしたら肩こりかも。始めての経験なので分からない。

分子時計

センター試験が始まり、バタバタした週末。

相変わらず進歩しない英語能力のせいで、なかなか進まないワラジムシ論文。しかも、内容にかなり大きな影響を及ぼす問題が見つかった。というのも、今回の研究では、DNAの変異から、((石垣+西表)+与那国)+宮古、というクレードが認められている。まだまだ、不明な点は多いのだが、これらの島は少なくとも150万年前には結合していたと考えられており、上記のようなパターンを見せる動物は、その時期に広範囲に生息しており、その後の島の分化に伴って、種分化や遺伝的分化が生じたと考えられることが多い。

私も当初、その方向で論文を書いていたのだが、クレード間の遺伝距離から、その分化年代を推定すると、少なくも700万年前には分化していたことが分かった。700万年前というと、琉球列島を含め、日本全体がまだ大陸の一部だった時代である。ということで、投稿までもうしばらく時間がかかりそう。

ちなみに、塩基配列の突然変異率から、それが蓄積した時間を求めることを分子時計というが、当然、種や利用する領域で、その値は大きく異なる。節足動物では、普通、2% / 100万年が使われている。上記の計算もこれを使用しているが、当然、検討の余地あり。論文に必ず必要なので、もう少し勉強しなければならないだろう。

明日が締切

明日が卒論の提出日ということで、その対応に追われ、ここ数日は完全に論文書きが停止してしまった。明日は復活したい。

たまたま図書館でGoogle SketchUPについて書かれている本を見つけた。3Dモデルを作製することのできる無料ソフトらしい。まだ、全くいじっていないが、とても面白そうなので、そのうち使ってみたい。

来週の調査は延期になった。

2月10~14日に沖縄に調査に行く予定。

Rで多様度

消えてしまったので、再度メモ。

パッケージveganを用いて、群集データから地点ごとの多様度指数を求める。

群集は良くある形式、行に動物群、列に地点ごとのデータが入っているとする。
20100109193831bcc.jpg

群集データがdataに入っている場合。
> data2<-t(data)
> library(vegan)
> diversity(data2,index="shannon",base=2) #indexで多様度指数を変更できる。simpson(1-D)、invsimpson(1/D)も可能。baseはShannon-WeaverのH'を求める際のlogの底。2とすることが多い。
で求められる。

群馬大学の青木先生による多様度指数H'を算出する関数もある。

β多様性、つまり、(非)類似度もまた、パッケージveganに入っているvegdist関数で求めることができる。
> vegdist(data2,method="bray",binary=F) #methodは(非)類似度の測定方法。brayはbray-curtis。binary=Fは個体数データを利用することの意味で、binary=Tとすると有無データとして計算できる。

(非)類似度データ用いて、クラスター分析や様々な座標付けができる。例えば,クラスター分析。
> sim<-vegdist(data2,method="bray",binary=F) #類似度データをsimに代入。
> cust<-hclust(sim,method="average") #群平均法を用いたクラスター分析の結果をcustに代入。
> plot(cust,hang=-1) #custを図示化する。hang=-1は葉を揃えるこの意味。

まだまだ続く

投稿論文を書き始めてしばらく経つが、英語の作文能力がかなり低く、なかなか進まない。さらに、論文を書き始めてから、新しい解析がいくつか必要なことも判明。悪戦苦闘の日々はもうしばらく続きそう。琉球列島の地史もまだまだ不明な点が多いことも分かった。

間違って数日前のRでクラスター分析を消去してしまった。

先日、NHKで放送していたネタ。栗城史多さんという登山家は、単独、無酸素で世界7大陸の最高峰を目指しているのだが(残すはエベレストのみ)、その行程を自分で動画撮影し、ネットで流している。撮影は特殊な道具を用いるのではなく、普通のハンディーカムで撮影をしてる。当然、このような山では、ロープを使ったクライミングをするのだが、その際も手で持ったり、服の隙間に挟んだりして撮影を続けている。8000m以上の所謂、デスゾーンでは、(多分)普通に歩くことですら困難な状況であるにも関わらず、撮影を続けている。極限状態での遊び心が、何だかとてもカッコいい。

RでNMDS

RのパッケージveganでNMDSを行う。NMDSは類似度を座標付けして、その相対的な関係を見る方法。

dに群集データが入っているとする。動物群は18、調査地は5地点>3植生>3調査地の合計45地点。良くあるexcel風なデータで、行が各動物群(s_1,,,)の個体数データ、列がそれぞれの調査地点を示している。

ピクチャ 1

d2<-t(d) #dをmetaMDSで使用できるように、行と列を入れ替える。
nmds<-metaMDS(d2, distance="bray", k=2) #群集データd2のnmdsを行う。類似度はbray-Curtisで、2次元。
veg_site<-rep(c(rep("T",3),rep("C",3),rep("S",3)),35) #植生ごとに凡例を付ける。
ちなみに、
> veg_site
[1] "T" "T" "T" "C" "C" "C" "S" "S" "S" "T" "T" "T" "C" "C" "C" "S" "S"
[18] "S" "T" "T" "T" "C" "C" "C" "S" "S" "S" *これは間違え.上記の3を5にすると45地点分になる.
となる。T、C、Sはそれぞれ植生型を示している。当たり前だけど、d2のデータはこの並びに対応している。

veg_site2<-as.factor(veg_site) #factor因子にする。
plot(nmds$point,type="n") #nmdsのスコアーを作図するが,まだ,プロットは打たない。
plot(nmds$point,bg=c(1:3)[unclass(veg_site2)],pch=21,cex=2,xlab="MDS 1",ylab="MDS 2") #pch=21は塗りつぶし可能な丸型の意味。bgは塗りつぶし、unclass・・・は、veg_site2の対応して塗りつぶすの意味。

これで、植生型に対応した凡例のNMDSが図示できる、、、ハズ。

サソリモドキのシークエンス結果

サソリモドキのシークエンスが終わった。今回はCOI(COIF、COIR)と12S(12Sai、12Sbi)をそれぞれ30サンプル出したが、ざっと見た感じでは、COIは1サンプルだけ読めておらず、12Sは恐らく全滅。ただし、12Sは以前、奄美大島のサンプルで上手くいっていた。12SCRFと12SCRRを試してみてもよいかも。COIを簡単に解析してみたけど、なかなか良い結果になっている。

Excel2008のY軸

サソリモドキはどうにか昨日、シークエンスに出せた。COIと12Sを30試料ずつ。

ワラジムシ論文の初稿が半分ぐらい書き上がった。しかし、これから数日は自分の研究関係はできそうにない。今月中にどうにか投稿してしまいたいが。3月の生態学会はこのネタを話す予定。ちなみに、生態学会の講演題目を見ていたら、沖縄のダンゴムシの発表があった。内容次第ではコシビロの研究を少し修正する必要があるかも。

要旨


昨日、JRAのレース始め、中山と京都で金杯が行われた。出世レースとは言いにくいが、サクラローレルがこのレースで勝って、一気に頂点まで登り詰めたこともある。今年の勝ち馬はアクシオンとライブコンサート。どうなるのでしょう。

何かと使いずらいExcel2008(Mac用)。以前は2軸のグラフの書き方で悩んだ。今度は、グラフ作りの基本、Y軸の項目の記載。Excel2004やWin版では、グラフを右クリック、グラフオプションでY軸項目の記載が出来るのだが、2008ではそれが出来ない。色々と悩んだ結果、学生が解決してくれた。

書式パレットを出して、そこのグラフオプション項にあった。ツールバーからもやれると思うが、今のところやり方は不明。

ピクチャ 2

復活

年末年始は東京に逃亡して完全にダラダラと過ごしてしまった。大荒れになるとのことだったけど、そんなことはなかった。

日本橋に行ってみた。三丁目の夕日ではCGで見事に首都高が消されているけど、実際は橋の上に首都高が通っていて、見た目はイマイチ。確か、東京オリンピック頃に建設したハズ。彫刻もカッコ良く、東海道の出発地点という歴史的価値からも、昔のまま保存して置いた方が良かった気がする。その方が観光地としての価値も高かったと思う。

日本橋2
日本橋1

個人的に東京で最も気になる場所といえば、東京芸術大学。どんな勉強しているのか、とても興味がある。上野公園の一角(上野動物園の隣)にある。一度は中に入ってみたいと思っていたので、行ってみたけど、当日は入構禁止。大きな門があり、かなり厳重な警備だった。やはり、他の大学とは何かが違う感じ。入構はまた次の機会に。

東京芸大

年末年始の分を取り返さなければ!ということで、今日中にサソリモドキをシークエンスに出してしまおう。
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