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やりたいことは多いが

相変わらず小笠原サンプルのPCRに苦戦している。微妙ながらも増えているが、そこからが難しい。

コシビロの形態整理をしているうちに、少しずつ等脚類の種分類というのものが分かってきた。できれば今年中に、大学周辺で見られる種の検索HPを作製したい。こんな感じでどうだろうか?

スライド1
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どうにかなるかな

昨日と今日は結構、自分の研究に時間を費やせた。とりあえず、石垣島のコシビロの解剖が終了。重要そうな形態も(なんとなくだけど)検討がついてきた。

PCRの成績が不振な小笠原諸島のサンプル。とうとうアニーリング温度を28℃まで下げて挑戦したところ、微妙に増えた。もう少し条件を探ればどうにかなるかな?ここまで下げるとシークエンスが心配だけど、、、どうなんでしょう。

明日はゼミが2コマ。合間に小笠原のサンプルのPCRをしつつ、熊本のコシビロの形態整理を始める予定。

ロジユニバースはJCが目標で、天皇賞(秋)に出走しないようだ。

休日、、、

先日、DNAを抽出した石垣島・西表島のサンプルは無事にPCRが終了した。今週中にシークエンスに出せるだろう。こうなると益々、小笠原諸島のサンプルが増えないのが不思議。

今日の実習でFIT(丸山式)を設置した。写真は草地に設置している様子で、同じものを林内にも設置している。来週に回収してソーティングする予定。と思ったら、来週の火曜日は休日、、、忘れてた。再来週でも大丈夫か?

FIT.jpg

ダンスインザダーク

コシビロの形態整理をしているが、ナカナカ難しい。卒論で分子データを扱ってくれる予定なので、来年度中に、分子・形態に基づいた九州・沖縄のコシビロの種分類の整理をしたい。

私は等脚類の雄を1個体ずつスクリュー管に入れて保管しているので、かなりの数のスクリュー管が必要になる。お金のない研究室なので、上手くリサイクルしながらやっていくしかない。例えば、研究が終わると、不要な動物は大きな瓶にひとまとめにして、空いた瓶を再利用する。しかし、サンプル数が多いとこの作業がかなり面倒で、今日は2時間以上かかった。

そうこうしているうちに午後3時になってしまった。今日は、牡馬三冠レースの最後、菊花賞の日。迷ったあげく、一度帰宅してテレビ観戦することにした。応援はリーチザクラウンで、1着の予想はイコピコ。

レースは、予想通りのリーチの逃げで始まり、しかし、これまた予想通りにかかり気味。いつ脚が止まるのだろうと心配だったけど、最後にもう一伸びして、一瞬、勝った!と思ったが、ピタッと脚が止まってしまった。結局、勝ったのはスリーロールス。2着にエアグルーブの仔フォゲッタブルが入り、ダンスインザダーク産駒のワンツーフィニッシュだった。ダンスインザダーク産駒は菊花賞で好成績を残しているが、お父さんの菊花賞での末脚は本当に衝撃だった。サンデー快進撃の幕開けをもたらした一頭だった。

来週は天皇賞(秋)。今年(ここ数年)、一番面白いレースになること間違いない。応援はウオッカ、1着予想はウオッカかドリームジャーニー。ロジユニヴァースは3着まで。

昨日、手紙がポストに入っており、土曜日に電気の検査に来るということだったので、それまで家にいる必要があった。時間は指定されていなかったので、夕方だったら最悪だな~と思いつつ、インディージョーンズ4を観ていた。1ー3もジョーンズ博士はあり得ない行動をしていたけど、4はさらにすごく(ひどく?)、私としてはイマイチな映画だった(1ー3は面白かった)。ダイハード4もあまり良い評判を聞かないけど、同じような感じなのかな(1と2は好き)。

昼過ぎから大学に来て、石垣島と西表島で見つかった広汎種のDNA抽出を開始した。その後は、他大学生の論文書きの手伝い。

明日は、卒論用のコシビロ標本の整理と実習の買出しをしてしまいたい。何か重要なことを忘れている気もするが、思い出せないので考えるのをやめる。

やはりいた!

今日は、ずっと頭が痛かった。もしかして、新型か?と思ったけど、夜になって痛みが取れてきた。何だったのだろう。

昨年、採取した石垣島のワラジムシを整理していたら、これまで石垣島で見つかっていなかった広汎種を発見した。宮古諸島の多良間島で採取しているので、恐らく、いるだろうと思っていたが、やはりいた。しかし、宮古諸島と比べると個体数密度はかなり低い。何が原因なんだろう、、、。

となると西表島にもいるだろうと言うことで、9月に採取したサンプルを調べたところ、やはりいた。石垣島同様に個体数密度は低い。来週中にシークエンスまでやってしまいたい。

秋からはダニにシフトする、、、つもりだったが、コシビロの形態を整理することにした。かなり難しそう!どうなることか。分子は学生がやってくれる予定。

名著

1973年に出版された土壌動物学は、土壌動物学の研究を行う上で書かせない必読書である。残念ながらすでに絶版になっているので、入手するには古本屋で見つけるしかない。たまにAmazonなどで古本が販売されているのを見かけるが、数万円の値がついている。そもそも定価が2万円(再販)なので、それなりに高い値段がついてしまうのはしかたないが、さすがに3万円を超えると、ん~と思ってしまう。

私はとある学会で、先輩の研究者に格安で譲って頂いた1冊を持っているが、機会があれば学生用に1冊購入したいと思っていた。すると先日、幸運にもヤフオクで9000円で出品されていた。オークションに参加したところ、予想通り他に参加者はおらず、そのままの価格で入手することが出来た。

本とまんじゅう
名著土壌動物学と学生のお土産:金のしゃちほこまんじゅう。

一昨日、茨城自然史博物館の湯本さんが来校されたので無理を言って講義をして頂いた。内容は、土壌動物の教材化プログラムと教員の資質に関するものだった。とても熱の入った講義で、共感した学生も多く、講義終了後に話込む学生もいた。私は人前で話をする際、ガチガチにプロジェクターを用意して話をするが、湯本さんの講演は写真が少しあるだけで、あとはその場のノリ?で話を進めていた。どちらが良いということはないと思うが、知識を伝えるのは前者、気持ちを伝えるのは後者の方が優れているような気がする。夜、焼き鳥屋で食事をしたが、色々な話が聞けて本当に楽しかった。あつい人は面白い。

1年生向けの授業で、オリガミバードを用いて自然選択を理解する実習を行っている。要約すると、ストローと紙で作った鳥に、サイコロやコインを使って翼にランダムに変異を起こさせ、より遠くに飛ぶ形態を選抜すると最終的に適応形質(遠くに飛ぶ形質)になるというもの。作業はなかなか面白く、学生も興味を持ってやっていた。ただし、鳥の作製にかなりの時間がかかるのが難点。近いうちに、実習の内容・結果をHPに公開する予定。

ナゼか小学生の夏休み自由研究をみることに、、、。

体力の低下を実感し始めたのでジョギングをしているのだが、小さなシューズで無理矢理、走っているため、むしろ健康に害が生じている。いい加減新しいのを購入したい。しかし、5年近く愛用しているので愛着もある。

今日は、先日自作したプライマーが届く予定。これが上手くいくと良いけど。

朝からピンチヒッター授業の準備をして、どうにか午前中で終了。明日、もう一度、確認して水曜日に備える。そうこうしているうちに、新しいプライマーが到着したので、小笠原サンプルのPCR実験を始める。

昼から健康診断だったので、20分ほど車を走らせ指定の病院に向かう。もう少しで病院に到着というとこで、何となく見覚えのある後ろ姿を発見。大学に帰ってから学生に話したところ、研究室の学生だったことが判明。絶妙のタイミングだったらしい。

大学に戻ると他の教員の講義を聞く機会があったので、勉強させて頂く。しばらく、講義を聴講した後、PCR産物を電気泳動に流してみたが、やはり、イマイチな結果。小笠原サンプルはかなり厄介な状況になってきた。試行錯誤の末、自作でプライマーを設計してみる。どうなることか。

明日は講義が2つあり、そのうちの1つには、ゲストに少し話しをしてもらう予定。

ピンチヒッター?

水曜日にピンチヒッター的に少しだけ授業をすることになっている。自分の専門分野ではないので、色々と勉強しながら準備を進める必要がある。こういう時ではないと勉強しないので、ある意味、良かったのかも。分野は呼吸や消化などで、何となく理解しているつもりになっていたが、実はほとんど理解できていないことが分かった。とりえあず、プロジェクターの大まかな構成は終了した。あとは配布資料を作成して、それを踏まえて、プロジェクターを若干修正する予定。

PCRが上手くいかない小笠原産サンプル。たまたま悪い個体を使ったかも!と無駄なことを考え、再度、他のサンプルのDNAの抽出をしてみた。早速、PCRをやってしまいたかったが、上記の準備が優先であることと、新しいプライマーが明日、届くことから、今日は我慢をすることにした。期待と不安が、、、。

今年は秋華賞(競馬)だったけど、牝馬3冠を目指していたブエナビスタは負けたようですね。オークスを見たときは3歳牝馬ではかなり抜けているかと思ったけど、そうでもなかったようで。とうとう秋の競馬シーズンに入ってしまったけど、家でのんびりテレビ観戦はできそうにない。

人が沢山

朝から掃除、洗濯をした後、指導学生が体験実習というものをしている中学校の文化祭に行ってみた。しかし、忙しいそうだったので、遠くから見るだけにしてソソクさと帰ってきた。

昼過ぎに大学に来ると、小学生が沢山いた。大学の先生が色々と実験を教えているらしい。私は担当ではないので、その人混みを避けて研究室に着いたが、やらなければならないことが多すぎてすぐに脱力。

とりあえず、学会関係(メール連絡)の作業を始めるが、上手くことが進まず、早くも帰りたい気分に。ということで、気分転換に来週の授業を準備をしてしまう。ちなみに、他にもやるべきことは沢山あるのだが、昨日から新しいサンプルのDNA抽出を始めている。明日はPCRをやる予定。さらに窮地追い込まれることは間違いない。

一歩は進んだ

昨日と今日でダニ用のプライマーをコシビロに試したところ、どうにか増えてくれた。まだ、シークエンスに出していなので、何とも言えないがどうにかなるだろう。

一方、小笠原のサンプルがどうにもならない状態。広汎種だと思うけど、、、違うのだろうか。

写真は先日、樹皮で見つけたイブシダニ科の一種。今回、実体顕微鏡で観察した限りではこの種が一番多かった。この倍率では種名までは分からない。体長は0.5mmぐらい。

イブシダニ

悩ましいコシビロと小笠原

卒論生がコシビロと小笠原のPCR実験をしていたが、結果が芳しくない。Templateの濃度下げとPrimerの濃度上げ、を試すか。
実験条件:z-taq、30℃、Template5と10μl

今日は実習があり、大学裏山、大学構内の二次林、そして、人工環境でワラジムシ採りをした。山登りはシンドそうだったけど、動物採集は頑張っていた。来週,種同定をして、環境と群集構造の関係を解析する予定。これは綺麗に結果が出てくれるはず。

しかし、(とうとう)授業が本格的に始まり、今まで現実逃避していたしわ寄せが、、、。

やりたいことは沢山あるけど

昨日は予定通り、久しぶりに野外調査(散歩?)に行った。最大の目的は実習に適した場所を探すことだったが、あまり良い場所は見つからず、結局、いつもの場所でやることにした。どうなることか。

山に入ったついでに枯死木(立ち枯れ)の樹皮を持ち帰り、ササラダニを調べてみた。ササラダニは本来、土壌中に生息しているのであるが、樹皮や枝葉にも生息している。しかし、今回はあまり見つけることはできなかった。写真は樹皮から最も普通に見けることができるウズタカダニ属の一種。ササラダニとしてはかなり大きい種で、体長は1 mm超。背中の段々になっているのは、脱皮殻だそうです。

ウズタカダニ

今日は、小笠原のPCRを終えてしまおう!と意気込んで大学に来たものの、COI、12S、16Sとことごとく増幅せず。DNAの抽出を失敗したか、と不安になったが、微妙に増えているのもあるので、やはりPCR条件に問題がありそう。とりあえず、Templateの濃度をいじって再実験中。

こんな日も

朝、小笠原サンプルのプロK処理をセットした後、ずっと書類書きの一日だった。飽きてきたら実験室の片付けをするという、イマイチな一日。

明日は、久しぶりに大学裏の山に行く予定。ダンゴムシ採り、ならびに、ササラダニ採り、ならびに、ドングリの観察、ならびに、学生実習の場所探し、をする予定。欲張りすぎか。

簡単にはいかない

学生が実験していたコシビロダンゴムシのPCR(COI)は失敗に終わった。実験のミスということではなさそうなので、これから色々と条件を試さなければならない。
実験条件:z-taq、33℃、Template5μl

小笠原のサンプルが届いたので早速、解剖したところ、予想通り、(形態上は)広汎種であった。連休中に実験して、来週中にはシークエンスに出せるだろう。

小笠原諸島は一度も大陸と繋がったことのない海洋島なので、そこに生息しているワラジムシの分散経路は非常に興味深い。同じく海洋島の南大東島のワラジムシも調べているが、広汎種が多いと考えている。ただし、フナムシは小笠原固有種が知られており、完全に陸生に進化した種もいる。もちろん、フナムシは海を渡ることができるので、系統的に近いとは言え、比較してもあまり意味はない。小笠原に固有のワラジムシはいるのだろうか。機会があればきちんと調べてみたいものだ。

とりあえず終了させた!

締切り間近の書類はどうにか終えることが出来た。思った以上にしんどい作業だったので、かなりイライラしてしまった。しかし、ちょうどそんな時に、先日、発注していたシークエンスの結果が返ってきた。ちらっと見たところ、なかなか良い感じだったので、イライラ終息。

明日はゼミ発表の予定。その前に、DNA抽出の続きをして、PCRのセットまでしてしまいたい。これで上手くいったら、来月はダンゴムシ取りの旅に出たいところだが、、、。

しかし、色々たまってきたな。どうしよう。

コシビロ、はじめました!

卒論でコシビロダンゴムシのプロK処理を開始。2晩処理するので、金曜日に終了予定。その日のうちに、PCRと電気泳動、そして精製(欲張り?)までやってしまいたい。

小笠原のサンプルが今週中に届くようなので、出来れば連休中に片付けてしまいたい。落葉樹の調査もしたいので(カメラも復活したし)、連休は久しぶりに野外調査に行こうかと考えていたが、、、悩む。

科研がいよいよ大詰め。しかし、明日は締切間近のとある仕事に集中しなければ。絶対に明日中に終えたい。

好転

一昨日に行ったササラダニのPCR結果(COI)を電気泳動したところ、シングルバンドが見られた。これが使いもになれば、色々と研究が出来そう。これでとりあえず、COI、18S、D3が使えそう。
COIの実験条件:z-taq、Template2倍、33℃

科研費も大詰め。色々と議論をした結果、なかなか良い申請書になったと思う。重要な研究であり、私の勉強にもなるので、是非、採択されてほしい。

とある研究者のご好意で小笠原のワラジムシ類の調査をさせて頂けることになった。学会発表を聞いて興味を持って頂けたらしい。研究をしていて良かったと思った瞬間だった(大げさ!)。

教育実習を終えた学生と卒論の相談をした。面白そうだけど、大変そうなテーマを提示してみたところ、挑戦してみたいとのこと。大変だと思うけど、是非、頑張ってほしい。早速、明日からDNAの抽出を始める。

映画で終わった

昨日は結局どこにも行かず、自宅でずっとDVDを見ていた。土・日曜日のどちらかを自宅で過ごすのは、今年になって始めてかも。

観たいと思いつつ、時間が無くて観ていなかったのは、「クローズゼロ2」、「レッドクリフ1、2」、「ジェネラルルージュの凱旋」の4本。どれも面白くて、10時間近くぶっ通しで観てしまった。いずれも熱い男たちが活躍する話。

クローズとレッドは、暴力が絡む。このような場合、暴力の正当性をどのようにして描くかが、監督に問われる。普通は仲間を助けるために暴力(戦い)をする。2本ともやはり、その点がしっかりと書かれており、クローズでは小栗旬が岸谷五朗から「パンチに愛がない」と指摘されて、仲間の存在を意識するようになり、仲間もそれに答え、一致団結して相手を倒した。レッドは、自分の欲望のために戦いをする曹操を自国の民の為に戦う劉備と孫権が倒した。ということで内容自体は良くあるパターンだけど、ところどころに面白い話題が盛り込まれており飽きること無く観られた。

ジェネラルは、救急医療を舞台に、正義のためには多少の悪も仕方ないのか?という内容。この場合は、もっと悪いやつ、と、正義のためとは言え悪いことをしたやつの処遇をどうするのかが重要。前者は金の亡者として描いており、そこに感情の欠如した若者を加え、彼を殺人者として描いていた。このような若者が殺人をするというは、映画でしばしば使われるが、あまり好きでない。他に盛り上げ方がないものか。後者は、この映画の売りでもある、竹内結子(と阿部寛)がコメディータッチに制裁を下し、みんなが納得の結果になった。

どれも個人的には面白かった。映画はキャラが重要だなと思った一日だった。

ササラダニよ、、、

昨日、PCRをしておいたササラダニの電気泳動をしたが、全く増幅していない。かなり広汎な種で増えているプライマーなのだが、、、。メモ:ef1α、33℃、z-taqで実験。

午後からは大学の仕事。

何だか気が抜けたので、(やるべきことは山ほどあるが)今日は早々に帰宅する。明日は海岸のダニでも採集に行く予定。

なんだったの

朝、大学に来る途中、急に背中に痛みが走った。しばらくの間は呼吸しても痛いぐらいだったが、少しずつ緩和され、今は反り返なければ痛くない程度になった。何だったんだろう。

(痛みをこらえつつ)PCR産物の精製を終えたので、明日、シークエンスに出す。これが上手くいけば、後は台湾を残すのみとなる。しばらくはダニに集中できそう。

卒論でアリを調べている学生から動画をもらったので研究室のHPにアップした。トビイロシワアリは普通にいるアリなのだが、餌?に砂を掛けるという不思議な習慣を持っている。そこで、実験的にビスケットを置き、そこに砂がたまる光景を10分置きに写真撮影して、それを1秒間隔でつなぎ動画にしたらしい。ナカナカ面白い。

砂掛け


しょうがないよ

朝一でワラジムシの電気泳動を行ったところ、きれいにシングルバンドが確認できた。上手くいかなかったのはDNAの濃度が薄かったみたい。明日、精製キットが届く予定なので、土日に作業をして、月曜日にシークエンスに出してしまおう。

その後、科研費に没頭しつつ、午後から樹冠開空度の処理方法を教えた。そろそろ会議に行こうかと思ったころに、教育実習で土壌動物を扱う学生が相談に、、、。思わず話に熱中してしまい、気づいたときには2時間近く過ぎてしまったので、会議は”しかたなく”休むことになった。昨年もそうだったが、中学校の教育実習で土壌動物を扱う人がいるらしく、研究室に所蔵している標本などを有効利用してもらえたら非常に嬉しい。

(会議を)休んでしまったものは仕方ないと開き直って、科研費に没頭し、取り合えず書き終え、共同研究者に送信して色々と意見を頂くことにした。しかし、いい加減、自分の分も準備しなければ。

明日は、久しぶりにササラダニを扱ってみようかな。それともダンゴムシか、、、。授業の準備は、、、どうなる、、、?
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