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日本一に挑戦

8月26日から本日(31日)まで、臨海実験の付き添い?で、熊本県上天草市にある熊本大学合津マリンステーションに滞在していた。

船
カッコいい船があった。学生はこれに乗って実習をしたみたい。

実験は熊本大学の先生が担当されており、基本的に私は自由の身だった。ということで、ワラジムシ取りをしていたら、私が現在、最も力を入れて研究しているBurmoniscusが分布していることが分かった。山の頂上から道路沿いのリター溜まりまで広く分布していた。恐らく、海岸沿いのはB. okinawaensisで、山地のはB. sp. 1ではないかと思う。すぐにでも解剖してDNAを調べたいが、3日から西表島に行くので、そこから帰ってからすることにしよう。

調査のためウロウロしていたら、美里町で日本一長い石段というのを見つけた。せっかくなので挑戦することに。

石段
登り口。全く先が見えない。

駐車場のおじさんの話では、普通の人は、1時間から1時間30分かかるということなので、とりあえず、(私はいたって普通の人ですが)ノンストップで30分を目標に登ることにした。1000段を過ぎたあたりから足が重くなり、1500段を過ぎたあたりから頭が痛くなり、、、ペースダウン。あっさりと30分を切るという目標はあきらめ、ノンストップのみを目指すことにした。2500段を超えたあたりから「いつになったら休もうか」ばかりを考えていたが、どうにかこうにかノンストップで登頂成功!

石段2
3333段でした。

タイムは、30分からは大幅に遅れましたが、1時間は切りました。

タイム
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昨日(23日)は初めての期日前投票に行った。インフルエンザが流行っているとのことなので、何となく呼吸を小さくしてみた、、、無意味だろうね。投票所を出たところで、某テレビ局が出口調査をやっていた。選挙特番などで「出口調査の結果は、、、」とよく聞くが、本当にやっているのだろうかと疑問に思っていたが、本当にやっていました。

今日は、先日作製したツルグレンを発送用に解体し梱包。これが思ったより大変な作業であった。学生の頑張りによりどうにか終了。明日中には発送してしまいたい。

26日から熊本県の天草市に実習の引率に行くが、天草市の牛深町にはアマミサソリモドキが生息している。もちろん、採集するつもりでいたが、熊本県指定の天然記念物であり、採集には許可が必要であることが本日判明した。許可がおりるまでには3週間かかるとのことなので、今回は現地視察のみで我慢するしかない。

ササラダニよ!増えてくれ

ササラダニの再実験は、いまいちな結果に終わった。18SとD3は42~46℃でどうにかなりそう。きれいに読めない場合は、アニーリング温度よりはtemplateとプライマーの濃度を試すべきだろう。

hspとef1αは、35℃ぐらいを一度試し、あとは濃度、もしくは、taqを試す?

今朝、ササラダニの新しい標本のDNA抽出が終わったので早速、PCR実験を行った。
Z-taq
46℃
temprate 5.0μL
プライマー 0.5μL
で試したところ、hspとef1αはダメ、18SとD3は微妙に増えた。42℃に下げて再実験をする。

今日は私用が多く、実験の合間に宅配便の引き取りのため帰宅。大学に戻ってPCRの再実験をセットした後、衆議院選挙の期日前投票とシークエンスの発注のため外出。再度、大学に戻り再実験の電気泳動をした後、電気屋によってから帰宅する予定。

宅配便の受け取りのため帰宅した際、駐車場に車がないことに気づいた。かなり焦ったが、昨日、荷物搬入のため、車で大学に行ったのに歩いて帰ってきてしまったため、大学に駐車してあることを思い出した。悲しい気持ちになった。

ツルグレン作製

朝一でうまく上手く増えてくれないワラジムシPCRの続きをした。プライマーの濃度を1μLと2μLにして試したところ、1μLでなかなか良い感じに増えてくれた。早速、精製して、明日のうちにシークエンス反応に出す予定。

午後からは学生と一緒に、西表島に設置する大型ツルグレンを作製した。電球の配線をしたり、ベニヤ板のくり抜いたりと初めての経験が多かったと思うが、思ったよりも手際よく作業をしていた。しかし、完成にはほど遠く、来週に持ち越し。月曜日に完成させ、その後にばらして発送までしてしまいたいが、、、大丈夫だろうか。

ツルグレン作製2 ツルグレン作製1
電球の配線に挑戦。        電ノコでベニア板をくり抜く。

悪戦苦闘続きのPCR

今日は、成績の悪いワラジムシと新しいササラダニ標本のPCR実験を行った。ワラジムシはアニーリング温度やDNA濃度をいじってみたが、いまいち増えない。あとはプライマーの濃度かな?

ササラダニは、hsp領域は若干ではあるが増えた。他の領域はまだうんともすんとも反応しない。しかし、今日の実験により、後体部の一部を壊せばDNAが抽出できることが分かった。タイプ標本にはできないだろうが、どうにか種同定はできるだろう。わずかではあるが前進。

実験の合間、9月の講義用に琉球列島の土壌動物データの整理を行った。しかし、まだまだ先は遠い。いい加減、気合いを入れて準備をしなければ。

はじめての野外調査

昨日(19日)は北九州のヒノキ林の調査に行ってきた。予定では私、林野庁の職員、学生2名であったが、学生1名が体調不良のため、合計3名での調査となった。学生は3年生♂で野外調査が初めてであったため、不慣れからくる疲労感があるかと心配したが、そのような素振りは全く見られなかった。来月は西表島に同行するが、キット活躍してくれるに違いない。

林野庁職員(左)と学生(右)。
林野庁職員(左)と学生(右)が相談中。

今回の目的は「ヒノキ林における間伐が土壌動物相に及ぼす影響の解明」である。環境要因としては、伐採年、土壌硬度、樹冠開空度、土壌含水率を用いる。

土壌硬度 ピットフォールトラップで採集された動物。
土壌硬度の測定(左)とピットフォールトラップで採集された動物(右)。

久しぶりの晴天

この夏、福岡は天気がずっと悪かったが、昨日から晴れ間が広がり、今日は気持ちのよい晴天となった。この天候に誘われ、思わず朝から布団を干し、部屋の掃除をしてしまい、朝8時の時点で充実感に浸ってしまった。

充実感と言えば、8月に入ってからは、実験と調査に極力時間を当てているため、かなり充実した日々を過ごせている(他にもやるべきことがあるのだが、、、後回し)。

今日は、(布団干し+掃除の後)まず成績の悪いワラジムシのPCR実験をセットした後、卒論の手伝いで大学構内100ヶ所のアリ調査を行った(人手が少なく、思ったよりこの調査に時間をとられてしまった)。その後、明日の調査道具の買出しに出掛け、大学に帰宅してからPCR産物を電気泳動して増幅を確認、、、いまいち。ということで、条件を変えて(テンプレートの濃度)再実験。現在はPCRが終わるのを待っている最中。今日中に電気泳動までしてしまう予定。

明日は日曜日に設置したピットフォールの回収+調査区を2地点設置のため、北九州市に行く予定。明日は研究室の学生2名を連れて行き、私と林野庁の職員の合計4名で調査を行う。急斜面で作業はなかなか大変であるが、学生にとってはフィールド調査の良い勉強になると期待している。しかし、事故には細心の注意を払わなくては。

メモ:アリ調査91地点にヒメフナムシが多かった。

ヒノキ林の多様性

16日に北九州市のヒノキ林に土壌動物調査に行ってきた。ピットフォールで徘徊性の大型土壌動物(アリやクモなど)を、ツルグレン法で中型土壌動物(ダニやトビムシなど)を調べる。

以前も書いたが、ここの(?)ヒノキ林は林床有機物量が少ない。したがって、土壌動物相は貧弱な気がするが、これまでにシーボルトミミズを3回見るなど、思ったよりも多様なのかも知れない。

有機物がほとんどない。

今回の調査は間伐の影響を調べるのが目的であるため、間伐区で調査を行っている。樹冠はそこそこ開いている。

全天空写真

大台ケ原学

しばしの休憩をはさみシークエンス結果の整理を再開した。半日にかけて3/4ほど終わったが、まあまあ読めていた。どうしても必要なサンプルがいくつか読めていなかったので再実験をしなければならないが。

先日、大学院時代の恩師から著書を頂いた。三重県の大台ケ原を舞台に、シカによる樹皮剥皮と後継樹採食が生物相互作用に及ぼす影響をさまざまな視点から報告した本である。編著者の一人である柴田先生は、今年の3月に名古屋大学を定年退官され、「この本が卒業論文」とのことである。研究は深く掘り下げることが重要であるが、その過程でどうしても対象を狭くせざるをえなくなってしまう。一方、生態系を理解するためには、多様な生物のことを理解しなければならない。柴田先生はこの点を非常に重要視されており、それぞれの事象は深く踏み込みつつも、「シカによる影響」をキーワードにした大台ケ原の生態系の解明を目指されていた。これを柴田先生風に言うならば「大台ケ原学」ということになる。この本はその大台ケ原学の集大成であり、入門書でもある。

大台ケ原の自然誌―森の中のシカをめぐる生物間相互作用大台ケ原の自然誌―森の中のシカをめぐる生物間相互作用
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英語論文の読みかた

今日は北九州に調査に行く予定であったが、朝は比較的強い雨が降っていたため急遽、土曜に延期した。ということで、大学でシークエンス結果の整理をすることに。それなりに読めているようで、少し安心した。

日本を代表する生態学者の粕谷さん(九州大学)が英語論文の読み方について言及している。私は英語が苦手であり、読むのも書くのもいつも苦労する。

悩ましいササラダニ

プライマーとテンプレートの濃度をいくつか試したが、PCRはうまくいかない。アニーリング温度はまだ検討していない。

動物を紹介する目的でブログを始めたのだが、実験ノートになりつつある。大学が夏休みに入り、たまってしまった実験を処理している日々なので、なかなか動物紹介をする余裕がない。

近いうちに時間を作って、大学近辺にいるワラジムシ相の(整理の意味も含めて)写真を掲載したい。

ササラダニは失敗

12Sと16SのPCR実験はシングルバンドが確認できた(16Sはやや怪しいが)。その後、No. 54-72の12S、および、No. 73-91+55のCOIまで精製終了。明日、No. 73-91の12Sと16Sの精製を終えてシークエンスに出してしまおう。

ドサクサにまぎれてサソリモドキも増えてくれたが、秋からのメインになるはずのササラダニが全く増えなかった。明日はプライマーの濃度(今回は高めで実験した)を色々と変えて実験をしてみよう。早いうちにササラダニのPCR条件を確定しておきたい。

実験開始

No. 73-91の12Sと16SのPCRを開始。午後には結果が出るだろう。うまく行けば、すぐに精製してシークエンスに出す。これが順調に行けば、日本産のBrumoniscusはほぼ終了となる。11月頃に台湾調査に行く予定なので、台湾産の種を加え、今年中に論文にしたいところ。

午後からはササラダニのPCRに初挑戦する予定。

ヒノキ林

頂吉山の国有林にて多様性調査を行うことになり、今日、その調査地選びに行ってきた。林野庁の方によると、「福岡はスギ林よりもヒノキ林が多い珍しい県だ」とのことなので、ヒノキ林で調査をすることにした。

もともと沖縄で研究していたため針葉樹林での研究経験がなく、ほとんど初めてヒノキ林に入ったが、あまりの有機物量の少なさに驚いた。この地域の特徴なのか、ヒノキ林の特徴なのかは分からないが、隣接するスギ林にはそれなりに落葉が堆積していることから、ヒノキ林の特徴なのではないかと思う。

とあるミミズの研究者に「ヒノキ林はミミズが少ない」と聞いたことがあるが、本日だけでも2度シーボルトミミズを見た。しかし、他の土壌動物はほとんど見つけられず、土壌動物の多様性は低い気がする。調べる価値は高そうだ。しかし、かなりの急斜面で、林道も細く、愛車からは明らかに故障した音が、、、。山登りは嫌いではないので個人的にはワクワクするが、同行者は選ばないとダメかな。

野外作業をするとナゼか室内作業をしたくなるので、大学に帰ってからはササラダニのDNA抽出をした。とは言っても、キットなので大したことはない。最近はワラジムシばかり扱っていたが、そろそろササラダニにシフトしたい。今回のプロトコルでDNAが抽出できると、今後の展開がかなり楽になる。

本日だけで4、5匹のヘビを見た。キット良い環境なのだろう。
ヘビ

頂吉

昨日、実験したCOIはシングルバンドが確認できた。できれば今週中に精製し、シークエンスに出してしまいたい。

今日は北九州市の頂吉というところに、森林間伐が生物多様性に及ぼす影響調査の調査地選びに行く。林野庁の方に国有林を紹介して頂けることになっており、私としては長期モニタリングプロットにしたいと考えている。福岡県内では、現在、宗像市内でしか調査をしていなかったので、これから少しずつ調査地を増やしたい。

できれば今日中に、12Sと16SのPCRもしてしまいたいが、夜は疲れ果てているかな。

No. 73-91のDNA抽出終了。すぐに、COIの増幅にとりかかる。前回、おかしな結果になったNo. 55も一緒に実験する。

昨日から、ササラダニのDNA抽出を始めた。一般的には標本を壊して抽出するのであるが、それでは証拠標本が残らないので、北海道大学の吉澤さんのプロトコルを参考にして、今回は壊さずに挑戦してみた。これでうまく抽出できればもうけものだが、ササラダニは外骨格が堅そうなので難しいか。

日曜大工

9月に西表島に大型ツルグレン装置を設置する予定。市販のものもあるが、サイズの変更など色々と変更ができるので、手作りすることにした(安いし)。幅180cm、高さ180cmの大物なので、なかなか大変そうだが、私はこの手の仕事は嫌いではないので、あまり苦にならない。おおよそのイメージは出来ており、昨日、アングルなど必要な部品を発注した。再来週ぐらいには道具が揃うはずなので、一度、福岡で作製した後、ばらして発送する予定。電球のカバーをどうするか未だに決まっていないが、ここが腕のみせどころかな!

12SとDNA抽出

No.54-72の12SのPCR終了。シングルバンドが確認できたので(怪しいのがいくつがある)、シークエンスへ出そう。

奄美大島のBurmoniscus(okinawaensis complexとsp. 3)×11、Ligidium(種名未確認)×6、サソリモドキ×2(トカラと奄美)のDNA抽出を開始。プロKには2日浸す予定。サソリモドキは右第4脚の筋肉を使用。

B. sp. 3が奄美大島の在来種かも。沖縄本島のB. ocellatus complexとした種はもう一度確認する必要がありそう。

奄美大島の処理終了

6月に採取した奄美大島のBurmoniscusの標本整理が終了。まず、雌雄に区別し、雄は交尾器のプレパラート標本を作製するのだが、結構、時間がかかってしまった。B. okinawaensis complexともう一種いるが、どうもB. ocellatus complexとは違うようだ。恐らく、鹿児島見つかっている種と同じと思われる。DNA抽出は明日にしよう。
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